اعترف اللواء حسن عبدالرحمن رئيس مباحث أمن الدولة السابق أمام المستشار محمد شوقى، قاضى التحقيق المنتدب من وزارة العدل، بكتابة خطاب موجه منه إلى جميع رؤساء فروع الجهاز، يطالبهم فيه بحرق جميع الملفات الموجودة لديهم، المصنفة تحت بند «سرى جداً» خشية وقوع المستندات المهمة في يد أشخاص قد يتسببون بها فى تدمير البلاد وزعزعة الاستقرار. وأضاف خلال التحقيقات، أنه طلب فقط من رؤساء فروع الجهاز حرق الملفات التي تحمل عنوان «سرى جداً»، لكنهم أمروا بحرق ملفات أخرى معنونة «سرى للغاية». وتابع «عبدالرحمن»: «كان هدفي من حرق الملفات الحفاظ على أمن البلاد»، واستشهد بمناشدة القوات المسلحة الأهالى إعادة المستندات التي عثروا عليها بعد اقتحام المقار، وقال إن جميع الملفات موجودة على أجهزة الكمبيوتر لدى جهات سيادية. وقد تسلم قاضي التحقيق فى واقعة حرق ملفات أمن الدولة نسخة من الخطاب، وتبين أنه مؤرخ فى ليلة اقتحام مقار الجهاز، وكتب عليه بخط اليد ينفذ فورا. وقال رؤساء 12 فرعاً خلال التحقيقات، إنهم نفذوا أوامر عبدالرحمن ونائبه وقتها اللواء طارق أبوغيدة، وأبلغوا الضباط المسؤولين بقرار رئيس الجهاز. وكشف أحد الضباط خلال التحقيقات عن أن نجل شخصية بارزة في القوات المسلحة، كان يعمل ضابطاً فى فرع أمن الدولة بمحافظة الإسكندرية، كان ضمن الضباط المحتجزين من جانب الأهالي، ووالده أرسل فرقة خاصة من الجيش لإطلاق سراحه. وكشفت مصادر قضائية مطلعة عن قرب انتهاء التحقيقات فى القضية، وإحالة عبدالرحمن وأبوغيدة و66 مسؤولاً وضابطاً فى الجهاز المنحل إلى المحاكمة.