زعم سيف الإسلام أن نظام والده معمر القذافي قرر التحالف سريا مع العناصر الإسلامية من الثوار بهدف القضاء على نظرائهم الليبراليين. وقال لصحيفة «نيويورك تايمز» الامريكية «سيهرب الليبراليون أو يقتلوا» وأنه توصل إلى اتفاق مع علي الصلابي أحد الاسلاميين في شرق ليبيا. كما زعم أن الإسلاميين هم من قتلوا قائد الثوار عبدالفتاح يونس لأنه ليبرالي.