تواجه المصارف الإسلامية في حيز التطبيق عدداً من التحديات التي تعيق عملها وتحد من إمكانات تطويرها، ومن أبرز التحديات التي تواجهها المصارف الإسلامية مشكلة السيولة بشقيها، إدارة فائض السيولة، ونقص السيولة. من هنا تبرز الحاجة إلى أدوات مالية إسلامية تستطيع المصارف الإسلامية من خلالها أن توظف الفائض لديها، وفي نفس الوقت تبقي إمكانية تسييلها قائمة وبأقل تكلفة. وتنقسم أدوات الاستثمار بشكل عام إلى نوعين : أدوات سوق المال وتشمل: الأسهم والسندات، وأدوات الاستثمار في السوق النقدي، وتشمل: الودائع لأجل، وأذونات الخزينة، وشهادات الإيداع والقبولات المصرفية. وفي الواقع العملي نجد ان المصارف الإسلامية تركز على توظيف الموارد المتاحة في الاستثمارات قصيرة الأجل، ويظهر ذلك جليا في القوائم المالية المنشورة، ذلك ان الودائع هي أكبر مصدر لهذه الودائع. وترجع أهمية الاستثمارات قصيرة الأجل الى حرص المصرف الإسلامي على ضرورة توافر السيولة التى تجعله في وضع مطمئن عند حصول أي سحوبات غير متوقعة للودائع الموجودة لديه، ما يستدعي توافق آجال الاستثمار مع آجال الودائع، واضطرار بعض المصارف لاستخدام بعض الودائع طويلة الأجل في استثمار قصير الأجل تحسبا للسحب المفاجئ واستثمار الودائع تحت الطلب، وايجاد نظام بديل عن نظام الاقتراض لليلة واحدة. ويواجه بعض المصارف الإسلامية بعض المشاكل في التطبيق العملي للاستثمار قصير الأجل، منها : انخفاض سرعة استثمار دوران الأموال في الاستثمار قصير الأجل ، وصعوبة الاستثمار قصير الأجل في مشاريع التنمية ذات الأجل الطويل. أما المشاكل التى تواجه المصارف الإسلامية في ادارتها الاستثمارات قصيرة الأجل واختلاف آجال الاستحقاق بين الودائع والاستثمارات ( قصيرة وطويلة الأجل ) فمنها مايلي : • الاعتماد الكبير على الحسابات الجارية ( لانخفاض كلفتها على المصرف ). • القيود الشرعية على عمليات بيع الديون التي تمثل جزءا كبيرا من استثمارات المصارف الإسلامية. • عدم وجود سوق مصرفية بين المصارف الإسلامية نفسها. • عدم وجود تسهيلات المقرض الأخير ( البنوك المركزية ) للمصارف الإسلامية. وتستطيع المصارف الإسلامية ادارة هذا النوع من الاستثمارات قصيرة الأجل من خلال ما يلي : • تقليل الاعتماد على صيغ المديونية ( المرابحة، التورق، البيع الأجل،...) الى صيغ المشاركات وهي البديل الصحيح والأساس للاستثمارات بالمصارف الإسلامية، لما فيه من تقليل المخاطر للمصرف خاصة فيما يتعلق بتأخر سداد المدينين. • المراجحة المالية أو القروض التبادلية Islamic Swap : من المشكلات التي تواجه البنك الإسلامي كيفية التمويل قصير الأجل جداً واتباع الصيغة المناسبة لذلك من المضاربة أو المشاركة أو غيرها، لذلك فإن القروض الفورية والليلية واليومية وعموم القروض قصيرة الأجل جداً يصعب بناؤها على المشاركة في الربح أو الخسارة لصعوبة تقدير الربح أو الخسارة، لذلك يلجأ بعض البنوك إلى استخدام أسلوب القروض التبادلية كبديل للحاجة إلى السيولة السريعة وفي فترات زمنية قصيرة جداً كاليوم والليلة باتباع أسلوب معين تتفق عليه البنوك الإسلامية فيما بينها لحل مشكلة السيولة أو القروض قصيرة الأجل جدا. • الايجار المنتهى بالتمليك : وهو من العقود المعروفة والمتداولة عند شركات التأجير المتخصصة، حيث يمكن للمصارف الإسلامية استعماله بديلاً عن المرابحة في حالة السلع المعمرة كالمعدات التي تسمح طبيعتها بالتأجير، وميزة هذه الصيغة أن البنك يحتفظ بملكية الأصل حتى نهاية العقد، وهذا يمثل ضماناً قد لا يتوافر في المرابحة.