استخدمت إيران كل الوسائل والحيل لإرسال كميات كبيرة من الأسلحة والصواريخ والمتفجرات إلى الأراضي اليمنية، حتى أوصلتها إلى الحوثيين. وأعلنت وزارة الدفاع اليمنية على موقعها الرسمي أن إيران تتدخل في شؤون البلاد الداخلية، مستغلة الفوضى وعدم استقرار البلاد، كما كشفت الحكومة اليمنية في 2012 عن ست خلايا تجسس مرتبطة بمركز قيادة ويشرف عليها ضابط سابق في الحرس الثوري الإيراني مسؤول عن عمليات الخلايا في اليمن والقرن الأفريقي. إطلاقهم بعد الضغط على هادي ما حدث أمام مبنى إدارة الأمن القومي في اليمن كان مؤشرا خطرا يؤكد الدور الذي تلعبه إيران في اليمن من خلال حلفائها، حيث احتشد متظاهرون بأعداد كبيرة من الحوثيين أمام المبنى، مطالبين بإطلاق عدد من المتهمين بالتخابر مع إيران، وكذا خلية التجسس التي تم توقيفها في وقت سابق، وحاول الانقلابيون تهريبهم من المبنى في مواجهة دامية بتاريخ 9/6/2013، راح ضحيتها 13 فردا من ميليشيات الحوثي، التي اتخذت من الحادث أداة للضغط والتصعيد على المستوى السياسي بتعليق مشاركتها في الحوار الوطني، وعلى مستوى الشارع بمزيد من التظاهرات، مطالبةً بالإفراج عن بعض تلك العناصر المحتجزة، وهو ما حدث لاحقا، في بادرة خطرة، أعطت مؤشرا عن مدى ما باتت تمثله هذه الجماعة من قوة ضغط بفعل تعاظم النفوذ الإيراني المساند لها بشبكة تحالفاته مع حزب صالح وبقايا نظامه. كما تم الإفراج عن بقية عناصر تلك الخلايا بعد 21 سبتمبر من عام 2014 الذي اجتاحت فيه عناصر التمرد العاصمة اليمنية صنعاء وسيطرت على مختلف مؤسسات وأجهزة الدولة اليمنية. خبراء إيرانيون أكد مصدر أمني يمني رفيع المستوى إلى "الوطن" وجود كثير من الخبراء الإيرانيين وضباط الحرس الثوري في اليمن منذ وقت غير قصير، حيث تولوا عملية تدريب ميليشيات الحوثي على مختلف أنواع الأسلحة والفنون العسكرية المختلفة، إضافة إلى صناعة المتفجرات وإدارة العمليات العسكرية. في 2009، كشف تقرير أميركي أمني صادر عن مركز ستراتفور للاستشارات الأمنية في ولاية تكساس عن دور إيراني في عمليات تهريب منتظمة، وقال: إنها كانت تتم من ميناء "عصب" الإريتري إلى السواحل القريبة من محافظة صعدة في مديرية "ميدي" اليمنية، ليتم تخزينها هناك، ومن ثم يتم نقلها عبر مهربين إلى محافظة صعدة معقل المتمردين الحوثيين. وأضاف التقرير أن الطوق الأمني الذي فرضته القوات البحرية السعودية على ميناء ميدي وسواحل اليمن الشمالية، دفع البحرية الإيرانية إلى إضافة أسطول رابع تمركز في خليج عدن، وذلك لتأمين طرق جديدة لتهريب الأسلحة للتمرد الحوثي. واستمر الدعم الإيراني لميليشيات التمرد الحوثي في شمال اليمن، وبعض فصائل الحراك الجنوبي على عشرات الشحنات التي قدمت من إيران خلال الفترة من 2006 إلى 2013، كان أشهرها شحنة سفينة جيهان 1، التي ضبطتها البحرية اليمنية والقوات الدولية المرابط في المياه الإقليمية بخليج عدن، يوم 23 يناير 2012، وهي في طريقها للحراك والحوثيين. تدفق الأسلحة وأكدت بعثة مجلس الأمن الدولي المكلفة بالتحقيق عن الشحنة، وبعد زيارة بعثة الخبراء أن الشحنة كانت قادمة من طهران، واحتوت على صواريخ حرارية وصواريخ ستريلا ومتفجرات نوع سي فور، فضلا عن شحنات الأسلحة التي أعلنت طهران ضبطها في عرض البحر أو السواحل اليمنية، التي وصلت قدرت ب10 شحنات خلال عام 2012، إضافة إلى أن أجهزة المخابرات الدولية واليمنية رصدت نحو 27 شحنة أسلحة إلى جماعة الحوثيين باليمن عبر سفن تهريب إلى جزر تتبع إريتريا في البحر الأحمر، ويتم نقل هذه الأسلحة بعد ذلك عبر قوارب صيد على دفعات صغيرة إلى الأراضي اليمنية، حيث يقوم سماسرة السلاح بنقلها وتهريبها إلى محافظة صعدة، التي تقع تحت سيطرة جماعة الحوثي منذ نهاية عام 2010. وأشارت تقارير لمخابرات يمنية وغربية إلى أن إيران تقوم بتدريب المسلحين الذين ينتمون لأحد فصائل الحراك الانفصالي والحوثيين، وأن كثيرا من شباب الحراك الجنوبي يغادرون اليمن بهدوء للتدرب في إيران، كاشفة عن المئات من الانفصاليين والحوثيين، الذين تم تدريبهم في جنوبلبنانوإيران التي دخلوها عبر سورية بلا تأشيرات، وأنه يتم تدريبهم على صناعة المتفجرات، والعبوات الناسفة، وقتال الشوارع. العاصفة أحبطت المخطط إضافة إلى التمويل والتسليح، أشارت معلومات عسكرية إلى أن طهران قامت كذلك بتدريب جماعة الحوثي في ثلاثة معسكرات تقع على الأراضي الإريترية، بإشراف وخبرات وتمويل إيراني، وأن أحد هذه المعسكرات يوجد بالقرب من ميناء عصب، والمعسكر الثاني يوجد في الساحل الشمالي بين منطقتي "حسمت" و"إبريطي" على ساحل البحر الأحمر، والمعسكر الثالث يوجد في منطقة "ساوى" على ركن معسكر الجيش الإريتري المعروف ب"ساوى". أكد المحلل السياسي اليمني رشاد الشرعبي أن عملية عاصفة الحزم جاءت لتنقذ اليمن والمنطقة بأكملها، ولتحبط خطة التدخل الإيراني السافر في شؤون بلاده، مؤكدا أن بطء التعامل مع ميليشيات الحوثيين بحزم منذ البداية، أدى لوصول الأوضاع إلى ما هي عليه الآن، معربا عن أسفه لما وصلت إليه الأحوال، كما دعا اليمنيين إلى الوقوف بجانب المملكة لوقف التدخل الإيراني في شؤون بلادهم.