في مؤشر يكشف عمق الخلافات بين البلدين، أصدرت السلطات السودانية قراراً بنقل لاجئي دولة الجنوب من داخل العاصمة والمدن الرئيسية إلى مناطق على الحدود بين البلدين، وقال مفوض العمل التطوعي والإنساني بولاية الخرطوم مصطفى السناري: "إن ترتيبات تجري لنقل نقاط انتظار ومغادرة اللاجئين الجنوبيين بالخرطوم إلى الحدود مع دولتهم"، منوهاً لوجود هذه النقاط على مخططات سكنية لمواطنين سودانيين.ومع أن الخرطوم نفت أن تكون هذه الخطوة قد اتخذت بعد تزايد الخلافات مع جوبا، إلا أن مراقبين عزوا الخطوة إلى أنها نتيجة خلافات واسعة بين البلدين، لاسيما في أعقاب انفضاض لجنة ترسيم الحدود بين البلدين التي عقدت مؤخراً بالخرطوم، وانتهت إلى تعمق الخلافات حول ترسيم 80% من الحدود المشتركة بين البلدين. ويخشى مراقبون من تزايد صعوبة الظروف الإنسانية على اللاجئين، نتيجة لعدم توفر الظروف المناسبة لإقامتهم على مناطق الحدود التي تفتقر لأبسط مقومات الحياة الإنسانية، رغم تعهد الخرطوم بتوفير كل ما يحتاجه اللاجئون من طعام وشراب وبنية تحتية. ويؤكد المراقبون استحالة تنفيذ الخرطوم لتلك التعهدات، لاسيما في ظل الأزمة الاقتصادية الطاحنة، وكانت الحكومة السودانية قد وجهت بحصر الجنوبيين الموجودين بأراضيها بشكل إيجابي ودقيق، وتوفير كل ما من شأنه أن يؤمن سبل الحياة لهم خاصة في ولايتي النيل الأبيض والخرطوم.