ضمت الجامعات السعودية عددا من الكراسي العلمية التي حملت اسم صاحب السمو الملكي الأمير نايف بن عبدالعزيز، رحمه الله، والتي جسدت حرصه على العناية بالتعليم العالي والمساهمة في تشجيع الباحثين من أعضاء هيئة التدريس بالجامعات السعودية وطلاب الدراسات العليا، ومعالجة القضايا الاجتماعية التي تمس مصالح الأفراد. أنشئ كرسي الأمير نايف لدراسات الوحدة الوطنية في جامعة الإمام، بهدف تحقيق البيئة الملائمة للبحث والتطوير، مما يدعم التنمية المستدامة في المملكة ويعزز فرص نمو الاقتصاد القائم على المعرفة، وربط مخرجات البحث العلمي في الجامعة بحاجات المجتمع من خلال إيجاد بيئة تقوم على الشراكة بين الجامعة والجهات الحكومية والأهلية وغير الربحية المحلية والدولية، ودعم المعرفة المتخصصة في المجالات العلمية المتنوعة، وتسديد الممارسات التطبيقية في المجالات نفسها، وتحقيق التكامل في مجال البحث العلمي بين الجامعة بوحداتها المختلفة، والمؤسسات البحثية داخل الجامعة وخارجها، وتوفير المصادر المالية اللازمة لدعم البحث العلمي في الجامعة واستدامتها، وتوفير السبل الداعمة لاستقطاب وتدريب العقول المبدعة، والكفاءات المتميزة في مختلف مجالات البحث العلمي محلياً ودولياً، وإثراء المكانة العلمية والبحثية للمملكة على المستوى العالمي، وتشجيع العلماء والباحثين السعوديين على الإسهام في الحضارة الإنسانية. ويهدف كرسي الأمير نايف لدراسات الأمن الفكري في جامعة الملك سعود إلى الإسهام في تنمية الاهتمام بالأمن الفكري على كافة الأصعدة، وإنجاز دراسات علمية حول الظواهر والممارسات المنافية لمفهوم الأمن الفكري، وتقديم حلول عملية قابلة للتطبيق لمعالجة الأفكار المنحرفة، وتقويم الدراسات والمشاريع والبرامج المتصلة بالأمن الفكري، وتنمية وتطوير قدرات الباحثين وطلاب الدراسات العليا في المجال نفسه. ويعد كرسي الأمير نايف لدراسات الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر الذي تحتضنه الجامعة الإسلامية في المدينةالمنورة أحد الكراسي العلمية البارزة في خارطة التعليم العالي التي تحمل اسم سموه، إذ يهدف إلى تنمية البحث العلمي في مجال الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر، وتشجيع الكفاءات العلمية في إعداد الدراسات العلمية والنظرية والتطبيقية في مجاله، والإسهام في إيجاد حلول علمية وعملية وابتكار الوسائل والأساليب الجديدة لمعالجة الأفكار المنحرفة والسلوكيات السيئة التي تؤرق المجتمع، إضافة إلى تدريب الكوادر المعنية بإقامة الشعيرة وتطوير قدراتهم، وتأسيس تجمع بحثي للمهتمين بهذه الشعيرة وتنمية جيل من الباحثين وطلاب الدراسات العليا في هذا المجال، وتوفير مرجعية بحثية علمية وتقديم الاستشارات العلمية في مجال الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر للجهات التي تطلبها داخل المملكة أو خارجها. ويضم معهد خادم الحرمين الشريفين لأبحاث الحج في جامعة أم القرى كرسي الأمير نايف لدراسة إسكان الحجاج بمكةالمكرمةوالمدينةالمنورة والمشاعر المقدسة. ويهتم الكرسي ببحث ودراسة آليات تطوير إسكان الحجاج، كونها أبرز القضايا المعاصرة في الحج. وتشتمل بحوثه على مرتكزين أساسيين، الأول: إسكان الحجاج في مكةالمكرمةوالمدينةالمنورة، والثاني: إسكان الحجاج في المشاعر المقدسة. ويوظف الكرسي البحث العلمي لتحليل ومناقشة القضايا، ووضع التوصيات لتطويرها، وأساليب معالجتها وفق رؤية علمية مدروسة تحدد مكامن الخلل وتضع حلولاً جذرية. واحتضنت أيضاً جامعة المؤسس الملك عبدالعزيز بن عبدالرحمن آل سعود كرسي الأمير نايف للقيم الأخلاقية. وتضم جامعة الإمام أيضاً كرسي الأمير نايف بن عبدالعزيز للوقاية من المخدرات، فيما تضم جامعة الأمير محمد بن فهد في المنطقة الشرقية كرسي الأمير نايف لتنمية الشباب، إضافة إلى مركز الأمير نايف بن عبدالعزيز العالمي للثقافة والعلوم في جامعة الملك فهد للبترول والمعادن في المنطقة الشرقية، إلى جانب قسم الأمير نايف بن عبد العزيز للدراسات الإسلامية واللغة العربية في جامعة موسكو بجمهورية روسيا الاتحادية.