اتهمت الحكومة السودانية جهات لم تسمها بالسعي للوقيعة بينها ومصر في الظروف الراهنة. وأبلغت الخرطوم، نظيرتها المصرية القاهرة، بصورة رسمية، عدم صحة ما نُشر من مزاعم، بوسائل إعلام مصرية، حول رسالة بعث بها الرئيس عمر البشير إلى الرئيس المصري المعزول د. محمد مرسي، بعد قرار عزل الأخير. وكشفت وزارة الخارجية السودانية - في تعميم صحفي لها عن اتصال هاتفي أجراه وزير الخارجية علي كرتي، بنظيره المصري محمد كامل عمرو، وصف من خلاله الأول، خبر رسالة البشير لمرسي بأنه محاولة للإساءة للعلاقات بين البلدين. وقال المتحدث الرسمي باسم الخارجية السودانية السفير أبوبكر الصديق محمد، إن الوزارة استدعت القائم بالأعمال المصري بالخرطوم، ونقلت له بأن ما جاء في الخبر غير صحيح، وهو محاولة للإيقاع بين البلدين الشقيقين. وأكدت الخارجية في تعميمها أن ما نُشر هو محض افتراء، ونسج من خيال مريض، مجدداً موقف السودان الثابت، أن ما يجري في مصر حالياً شأن داخلي يخص شعبها، ومؤسساتها القومية، وقواها السياسية. وأشارت إلى ثقة السودان، في مقدرة مصر على تجاوز الأزمة العابرة، التي تمر بها حالياً، ورأب الصدع بين أبناء الشعب الواحد.