يزخر المسجد النبوي بالعديد من الآثار والمعالم التاريخية والتي تعد محط أنظار الزوار والمصلين، حيث تتضمنها النقوش الإسلامية والتي تظهر الجانب الجمالي في الفن المعماري الإسلامي ومن ضمن تلك المعالم التاريخية خوخة أبي بكر الصديق - رضي الله عنه -. والخوخة هي باب صغير كالنافذة الكبيرة تكون بين بيتين ينصب عليها باب، وخوخة أبي بكر الصديق هي الباب بين بيته وبين المسجد النبوي في غربي المسجد بعد العمود الأخير من حد المسجد القديم. وكان المسجد النبوي يضم ثلاث خوخات، خوخة علي بن أبي طالب - رضي الله عنه -، وخوخة آل الخطاب، وخوخة أبي بكر الصديق وهي التي بقيت حتى الآن حيث أمر النبي صلى الله عليه وسلم أن تبقى مفتوحة على المسجد، وذلك في خطبته قبيل وفاته سنة 11 ه، حيث روى أبو سعيد الخدري قائلاً: إنّ رسول الله - صلى الله عليه وسلم - جلس على المنبر فقال: «إنَّ عَبْدًا خَيَّرَهُ اللَّهُ بيْنَ أنْ يُؤْتِيَهُ مِن زَهْرَةِ الدُّنْيا ما شاءَ، وبيْنَ ما عِنْدَهُ، فاخْتارَ ما عِنْدَهُ فَبَكَى أبو بَكْرٍ وقالَ: فَدَيْناكَ بآبائِنا وأُمَّهاتِنا، فَعَجِبْنا له، وقالَ النَّاسُ: انْظُرُوا إلى هذا الشَّيْخِ، يُخْبِرُ رَسولُ اللَّهِ صَلَّى اللهُ عليه وسلَّمَ عن عَبْدٍ خَيَّرَهُ اللَّهُ بيْنَ أنْ يُؤْتِيَهُ مِن زَهْرَةِ الدُّنْيا، وبيْنَ ما عِنْدَهُ، وهو يقولُ: فَدَيْناكَ بآبائِنا وأُمَّهاتِنا، فَكانَ رَسولُ اللَّهِ صَلَّى اللهُ عليه وسلَّمَ هو المُخَيَّرَ، وكانَ أبو بَكْرٍ هو أعْلَمنا به، وقالَ رَسولُ اللَّهِ صَلَّى اللهُ عليه وسلَّمَ: "إنَّ مِن أمَنِّ النَّاسِ عَلَيَّ في صُحْبَتِهِ ومالِهِ أبا بَكْرٍ، ولو كُنْتُ مُتَّخِذًا خَلِيلًا مِن أُمَّتي لاتَّخَذْتُ أبا بَكْرٍ، إلَّا خُلَّةَ الإسْلامِ، لا يَبْقَيَنَّ في المَسْجِدِ خَوْخَةٌ إلَّا خَوْخَةُ أبِي بَكْرٍ"، لما لا وهو - رضي الله عنه - أَقْرَبَ الناسِ إلى النبيِّ - صلَّى الله عليه وسلَّم -؛ ورَفِيقُه في هِجرتِه، وهو أعظمُ هذه الأُمَّةِ إيمانًا وتصديقًا.