اعتبر خبراء سياسيون أن صلاحيات الرئيس المصري الجديد ستكون منقوصة في ظل وجود مجلس عسكري، وقالوا: إنه سيحاول تقليص هذه الصلاحيات بما هو في صالح بقائه أطول فترة ممكنة، مؤكدين أن الإعلان الدستوري المكمل ما هو إلا صورة مصغرة للعديد من الامتيازات التي سيحصل عليها المجلس العسكرى لتقييد حرية الرئيس القادم في اتخاذ القرارات خاصة فيما يتعلق بالقرارات المصيرية بدواعي الأمن القومى، وحول العلاقة بين الرئيس الجديد وبين مؤسسات الدولة قالوا: إن العسكري سيمنح الرئيس القادم حرية القرار في بعض الوزارات دون غيرها والتي تتعلق بالشأن الداخلي حفاظا على العلاقات الخارجية. وقال الخبير بمركز الدراسات السياسية والاستراتيجية بالأهرام الدكتور صبحي عسلية، إن الاعلان الدستوري المكمل، وإن كان يمنح العسكري صلاحيات أكبر من المتوقع لكنها في النهاية تحول بين الرئيس والقوى التي تدعمه، وبين الانفراد بالسلطة، فإذا فاز مرسي فإنها تحجمه في إنتاج دولة دينية لا ترضى عنها القوى الثورية والمدنية، وإذا فاز شفيق فهي تمنعه من إعادة إنتاج النظام السابق من جديد، مشيرا إلى أنه مع اقتراب محمد مرسي حسب النتائج الأولية من حكم مصر إلا أنه لن يكون له دور حقيقي، وسيكون مجرد واجهة تتلقى الصدمات وتنسب له الإخفاقات، أما الإنجازات فستنسب كلها للمجلس العسكري. وأضاف أن فارق النتائج الضئيل بين المرشحين حسب النتائج الأولية يقول إن الرئيس القادم لن يكون مرتاحا أبدا لأن هناك قوى أخرى لا يمكن التغاضي عن قوتها ترصد اخطاءه وتعد خطواته. وقال الدكتور عمرو حمزاوي عضو مجلس الشعب السابق، إن الإعلان الدستوري المكمل الذي أصدره المجلس العسكري هو في حقيقته فيتو في مواجهة الرئيس ويقيد من حرية رئيس منتخب بصلاحيات منقوصة تجعله في موقع أشبه برئيس وزراء ضعيف، بالإضافة لمرحلة انتقالية جديدة لا سقف زمنيا محددا لها، معتبرا ان الإعلان المكمل نكوص وتراجع عن تسليم السلطة في موعدها، ودعا حمزاوي الى توظيف جميع الأدوات السلمية لمواجهة هذا السيناريو الخطير. يوط اللعبة بيد العسكر وأشار الباحث السياسي الدكتور رفعت سيد أحمد إلى أن العسكري لن يترك الرئيس القادم خاصة إذا كان د. محمد مرسي أن يمسك بخيوط اللعبة السياسية، ولكن سيمنحه ما يريده هو، حيث استطاع في الظلام وبعيدا عن الأعين وفي حالة انشغال الجميع في القضايا التى رماها في صدور قرار من المحكمة الدستورية بحل مجلس الشعب وانتقال السلطة التشريعية إليه أن يجمع كل خيوط اللعبة السياسية في يده. ويرى الدكتور وحيد عبدالمجيد الخبير السياسي أنه لا يختلف أحد أن الرئيس القادم بهذا الشكل سيكون منزوع الصلاحيات، وهو ما يعطي صورة متوقعة للصدام المقبل. وأشار عبد المجيد إلى أن الرئيس القادم وقد يكون محمد مرسي حسب النتائج الأولية - لديه خياران، الأول هو مقاومة هذا الوضع بمفرده أو القيام بعمل شراكات وطنية حقيقية تشترك من خلالها القوى الثورية في الحكومة، وبعض مناصب الدولة، وبذلك يكون قادرا على انتزاع ما سلب منه من صلاحيات واختصاصات بموجب الإعلان المكمل، ولكن بشرط أن تكون تلك الشراكات حقيقية ومؤسسة لبناء وطن حقيقي، ونبه الاخوان إلى أن شراكة حقيقية مع القوى الوطنية والثورية سينتج عنها تغيير حقيقى في المشهد السياسي الذى أصبح مهلهلا بسبب الانقسام والصراع بين القوى. فيما قال الدكتور عمرو هاشم ربيع الخبير بمركز الأهرام للدراسات السياسية والاستراتيجية: ان منصب الرئيس مع وجود العسكري لن يكون بصلاحيات مطلقة، وهو ما نراه جليا مع الإعلان الدستوري المكمل الذي نزع صلاحيات وسلطات كبيرة من رئيس الجمهورية بل جعله فقط مقدمًا للخدمات، وهو بالتالي غل يد رئيس الجمهورية، حتى قراره بشن الحرب أو الاستعانة بالقوات المسلحة في حالة حدوث اضطرابات لا يستطيع إقراره بمفرده، إذن نحن مقدمون على حكم عسكرى بامتياز لفترة دائمة وليست مؤقتة كما كان يقال سابقًا.