تعاقب اللائحة التنفيذية لنظام الغذاء، المنشأة التي ترتكب مخالفة عمداً تداول مادة غذائية ضارة بالصحة أو مغشوشة، أو ممنوعة، بسجن المسؤول المتسبب 10 سنوات، وفرض غرامة بقيمة 10 ملايين ريال، أوبهما معاً بالإضافة إلى العقوبات المنصوص إليها في الفقرات (2، 3، 4) من البند ( أولا /أ ) من هذه المادة. بعد إحالة المخالفة إلى هيئة التحقيق والادعاء العام (النيابة العامة) للتحقيق فيها، وإحالتها إلى المحكمة المختصة إذا رأت ذلك. وأجازت اللائحة منح مكافأة تشجيعية بنسبة لا تزيد على (25%) من مقدار الغرامة المستحقة بقرار من المجلس؛ لمن يساعد - من غير مفتشي الهيئة أو الجهات التي تستعين بها - في الكشف عن مخالفة لأحكام هذا النظام ولوائحه. وحددت 4 أنواع من العقوبات لمن يخالف أحكامها، تتضمن غرامة بمليون ريال، أو المنع من ممارسة أي عمل غذائي 180 يوما، أو تعليق الترخيص لمدة عاماً، أو إلغائه. وأتاحت اللائحة بتطبيق عقوبة واحدة أو أكثر على المخالف، وأجازت بمضاعفة العقوبة في حال تكرار ارتكاب المخالفة. وأجازت لمن صدر في حقه قرار بالعقوبة؛ التظلم منه أمام اللجنة المعنية خلال (ثلاثين) يوماً من تاريخ تبليغه بالقرار. ويحق للمتضرر من أي مخالفة لأحكام هذا النظام، المطالبة بالتعويض عن الأضرار التي تسببت بها تلك المخالفة، وذلك أمام المحكمة المختصة. وتتبع هيئة الغذاء والدواء عددا من الإجراءات لإيقاع المخالفة، وهي: أن تنظر الإدارة المختصة في المخالفة بعد استكمال إجراءات ضبطها، ولها سماع أقوال المخالف أو من يمثله، وتتصدر الإدارة المختصة قرارها في شأن المخالفة، وترفعه إلى الرئيس أو من يفوضه لاعتماده، و لا تكون العقوبة نافذة إلا بعد اعتماد القرار من الرئيس أو من يفوضه، ويبلغ المخالف بقرار العقوبة. ووضعت 4 شروط لتسجيل المنشآت الغذائية لدى الهيئة، وهي:( تقديم طلب تسجيل وتعبئة النماذج الخاصة بذلك، ترخيص للمنشأة لتداول الغذاء لدى الهيئة، تحديد مسؤول لها ومن ينوب عنه، واستيفاء المتطلبات والوثائق الخاصة بالمنشأة الغذائية والعاملين فيها، والواردة في دليل التسجيل ). وحددت الهيئة مدة تسجيل المنشأة الغذائية خمس سنوات قابلة للتجديد. وحددت اللائحة للحصول على موافقة الفسح على 5 أنوع من المنتجات، تتضمن:المضافات الغذائية، الأغذية ذات الاستعمالات التغذوية والطبية الخاصة، الأغذية المتعلقة بالرضع والأطفال، ومشروبات الطاقة، وأية منتجات أخرى تحددها الهيئة، وتنشرها على موقعها الالكتروني. وتلتزم المنشأة الغذائية بتعيين مسؤول للمنشأة الغذائية، يكون مسؤولاً عن ضمان سلامة الغذاء وصلاحيته للاستهلاك الآدمي، وعن تطبيق أحكام هذا النظام واللائحة، كما يكون مسؤولاً عن أعمال متداولي الغذاء العاملين في المنشأة، ومرافقها، وذلك على النحو المبين في النظام واللائحة. ويجب على المنشأة أن تكون قادرة على التعرف على مصدر الغذاء الذي تحت إشرافها، وتحديد المنشآت الغذائية التي تمدها به، وتزويد الهيئة بالمعلومات المطلوبة إذا تطلب الأمر ذلك.