دعا سياسيون ونشطاء بمنظمات حقوق الإنسان المصرية المرشد العام لجماعة الإخوان المسلمين إلى تقديم اعتذار واضح وصريح عن الأحداث التي شهدتها جامعة الأزهر مؤخراً، والتقدم إلى لجنة شؤون الأحزاب بطلب لإنشاء حزب سياسي للجماعة، وإعلان البرنامج السياسي لهذا الحزب، وقال نجاد البرعي مدير جماعة تنمية الديمقراطية: إن القضية في أحداث الأزهر تتجاوز الاستعراض العسكري الذي قام به طلاب الإخوان إلى تجديد إثارة الهواجس والشكوك الحقيقية تجاه نوايا جماعة الإخوان، مشيراً إلى أن تصريحات مرشد الجماعة طوال العام الأخير لم تكن مشجعة، وأن أداء نواب الجماعة بالبرلمان كان منهاراً وضعيفاً، ولا يسمح بالثقة فيهم إذا ما وصلوا إلى السلطة في البلاد، متهماً إياهم (النواب) بالإضرار بحرية الرأي والتعبير في مواقفهم ضد مواد إعلامية وسينمائية وإبداعية. ودعا البرعي في ندوة نظمها مركز القاهرة لدراسات حقوق الإنسان حول أحداث جامعة الأزهر المرشد العام للجماعة إلى الاعتذار عن أحداث الأزهر، وقال: إن ما جاء من اعتذارات على لسان قادة بالجماعة في هذا الشأن كان أقبح من الذنب الذي ارتكبوه، منتقداً محاولة الجماعة توصيل رسالة إرهاب إلى الدولة من خلال العرض العسكري للطلاب، ومشدداً على أنه حتى لو كانت الجماعة مستبدة وظالمة، فإنه من غير الملائم محاولة إرهابها. ودعا البرعي جماعة الإخوان المسلمين إلى مراجعة جملة مواقفهم، والتقدم للحصول على رخصة إنشاء حزب سياسي مدني ببرنامج يمكن غيرهم من محاكمتها (الجماعة) على أساسه، وقال البرعي: إن الوضع المعلق للجماعة حالياً يجب إنهاؤه سواء من جانبها أو من جانب الحكومة مطالباً الجماعة بالإسراع للدخول في حوارات مع كل القوى السياسية. فيما حذر حافظ أبو سعدة أمين عام المنظمة المصرية لحقوق الإنسان من خطورة خلق كيانات وميليشيات موازية على استقرار الدولة وتماسكها، قال أبو سعدة: إن جماعة الإخوان ليست مقدسة حتى تعد نفسها فوق النقد، وأنها ليس من حقها احتكار الحديث باسم الإسلام أو اعتبار منتقديها خارجين عن الدين. ورفض بهي الدين حسن مدير مركز القاهرة اتهام المنظمات الحقوقية بالانتقائية في عملها، وقال: إن تلك المنظمات أدانت وتدين كل الانتهاكات الحكومية لحقوق الإنسان، ودعا حسن جماعة الإخوان إلى القراءة العميقة لردود الأفعال المختلفة تجاه أحداث الأزهر، مشيراً إلى أن قطاعاً كبيراً من المثقفين الذين ناصروا لسنوات حق الإخوان في الوجود الرسمي والشرعي بدا يراجع موقفه تجاه هذا الأمر. من جانبه شبه الدكتور محمد البلتاجي أمين عام الكتلة البرلمانية لجماعة الإخوان المسلمين الهجوم الحقوقي على الجماعة بظاهرة (الإسلاموفوبيا)، وقال: إن هناك محاولات تجري لاستغلال أحداث الأزهر في إحداث حالة فزع في المجتمع تجاه الإخوان، وقال: إن الجماعة مع طرح كل المخاوف الحقيقية والمنطقية، ولكن ليس بطريقة استدعاء العدو وتجيش المناخ المصري كله ليأخذ موقفاً ضد الإخوان. فيما أكد اللواء فؤاد علام نائب مدير مباحث أمن الدولة السابق على وجود صراع داخل الجماعة بين المؤمنين بضرورة استمرار التنظيم السري والمطالبين بالعمل العلني، ودعا علام الإخوان إلى نبذ أسلوب السرية والعنف والميليشيات وانتهاج الطريق السليمة للحصول على المشروعية بالتقدم بطلب الحصول على رخصة حزب سياسي وعدم التحجج بوجود لجنة شؤون الأحزاب، وقال: إنه حين يصل الإخوان إلى الحكم بالطرق المشروعة، فسوف يصفق لهم الجميع.