دان المؤتمر العام السادس عشر للمجلس الاعلى للشئون الاسلامية في ختام اعماله العمليات الارهابية التي تحدث من حين لآخر في بعض البلاد العربية والاسلامية وبخاصة المملكة العربية السعودية مهبط الوحي وموطن الحرمين الشريفين كما دان الممارسات الوحشية لحكومة اسرائيل ضد الشعب الفلسطيني واجتياح المدن الفلسطينية من حين لآخر, وهدم المساكن وقتل الابرياء المدنيين من الشيوخ والنساء والاطفال كما استنكر سياسة الاغتيال الاسرائيلية للقيادات الفلسطينية وندد ببناء الجدار العازل الذي يقتطع اجزاء من اراضي السلطة الفلسطينية وناشد المؤتمر المجتمع الدولي التدخل لحماية الشعب الفلسطيني ووضع حد لجميع الانتهاكات الصارمة والعمل على تنفيذ خارطة الطريق التي سبق ان وافقت عليها الاممالمتحدة بما يضمن قيام الدولة الفلسطينية على ارض فلسطين داخل حدود ما قبل حرب يونيو 1967 مع تمكين الشعب الفلسطيني من ممارسة حقوقه المشروعه فوق ارضه بما فيها القدس الشريف كما يناشده فرض ارادته على اسرائيل في ضرورة نزع اسلحة الدمار الشامل التي لديها اسوة بما تم في دول الجوار. كما دعا المؤتمر الدول الاسلامية وكل الدول المحبه للسلام بذل قصارى جهدها لدى الولاياتالمتحدةالامريكية للكف عن تأييدها المطلق لاسرائيل في ضم مستوطنات الضفة الغربية ورفض السماح للاجئين الفلسطينين العودة الى ديارهم بالمخالفة لقرارات مجلس الامن وعلى الخصوص القرارين رقمي 242 و338 وابدى المؤتمر اسفه الشديد للفوضى الأمنية التي سادت العراق بعد الاحتلال الانجلوامريكي لها وما نجم عن ذلك من تدمير وتخريب وقتل للابرياء ودعا دول العالم الحر والمنظمات الدولية الى ضرورة التدخل لدى الولاياتالمتحدةالامريكية لانهاء احتلالها للعراق وتمكين ابناء العراق من ممارسة سيادتهم الكاملة على اراضيهم واختيار حكومتهم بارداتهم الحرة دون أي ضغط او توجية خارجي.