تشهد جبهة الإنقاذ الوطني حالياً انقساما بشأن خوض الانتخابات البرلمانية المقبلة أو مقاطعتها، وهو الانقسام الذي تسعى أطراف عديدة في الجبهة لمعالجته منعا لتفكيك جبهة الإنقاذ التي توحدت حول هدف واحد سياسي وانتخابي. ويأتي الانقسام بالرغم من الاستعدادات المكثفة التي بدأتها الجبهة خلال الفترة الماضية بشأن الانتخابات وسط رأي يؤيد خوض الانتخابات لعدم ترك الساحة أمام التيار الإسلامي للسيطرة على البرلمان القادم، فيما يرى فريق آخر من الجبهة ضرورة مقاطعة الانتخابات لعدم توافر ضمانات نزاهة العملية الانتخابية وفي مقدمتها تشكيل حكومة محايدة. وأكدت مصادر بجبهة الإنقاذ أنها ستستعد لخوض الانتخابات في كافة الأحوال، مشيرة إلى أنها ستتخذ القرار النهائي في اللحظات الأخيرة سواء بالمقاطعة أو المشاركة. كما تشهد جبهة الإنقاذ انقساماً آخر حول شرعية الرئيس مرسي وما إذا كان سيكمل فترته الرئاسية المقررة بأربع سنوات أم سيتم الدعوة لانتخابات رئاسية مبكرة. حيث أكد عمرو موسى، القيادي بالجبهة، أنه والدكتور محمد البرادعي، يؤيدان داخل جبهة الإنقاذ الوطني شرعية الرئيس مرسي واستمراره في منصبه، مشيراً إلى أن حمدين صباحي، هو الذى يرى ضرورة إعادة الانتخابات الرئاسية بعد إقرار الدستور الجديد، لكن الجبهة بالإجماع تتفق على شرعية الرئيس مرسي.