يهتمُّ مُحقِّقو التراث بالمخطوطات الموثّقة التي تمت مقابلتُها على مخطوطات أصلية، وهذا النوع من المخطوطات مُهمّ لأن المقابلةَ دليلُ صحّتها، ومن دلائل صحّة المخطوطات تقييدُها بالسّماع من الشيوخ، وقد قام الشيخ المدني بالتعليق على المخطوطات، وبمقابلة الكثير من المخطوطات المحفوظة في مكتبة السليمانية في اسطنبول، ومنها:الحرز الثمين في شرح الحصن الحصين. المؤلف: علي بن سلطان مُحَمَّد القاري، الحنفي ت 1014 ه/ 1606م. قوبلت هذه النسخة في مكةالمكرمة سنة 1166 ه/ 1753م. الموضوعات، لعلي القاري، بلغ المقابلة على يد الشيخ مُحَمَّد المدني حسب الطاقة. الحزب الأعظم والورد الأفخم لانتسابه واستناده إلى الرسول الأكرم؛ لعلي بن سلطان مُحَمَّد القاري. الحصن الحصين من كلام سيد المرسلين وسلاح المؤمنين من خزانة النبي الأمين لابن الجزري، 833 ه/ 1429م. تمت مُقابلة هذا الكتاب في مسجد النبي (صَلَّى اللهُ عَلَيْهِ وَسَلَّم) سنة 1175 ه/ 1761م. الكلم الطيب للسيوطي، توجد عليه تعليقات للشيخ مُحَمَّد المدني. حزب البحر للشاذلي، (ت656ه/1258م). حزب الحمد للشاذلي. حزب الصون في تسخير الكون. رسالة في أسماء أهل بدر. حزب النصر، أبو الحسن الشاذلي. توجد تعليقات على محتويات المجلد بخط الشيخ مُحَمَّد المدني الطرابزوني. مناسك الحج: المسالك في علم المناسك لمُحَمَّد بن مكرم الكرماني، الحنفي، ت 975 ه/ 1567م. تمت المقابلة في شهر شوال في مكة المشرفة على يد مُحَمَّد بن مَحْمُوْد الطرابزوني المدني سنة 1155 ه/ 1645م. حاشية الطرابزوني المدني على ملتقى الأبحر لإبراهيم بن مُحَمَّد الحلبي، الحنفي ت 956ه/ 1549م. حاشية الطرابزوني المدني على نور الإيضاح ونجاة الأرواح لحسن بن عمار الشُّرُنْبُلالي، الحنفي ت 1069 ه/ 1659م. تمَّ النسخ في مكةالمكرمة سنة 1154ه/ 1741م. في رباط الزماميّة. الناسخ أيضاً مُحَمَّد المعروف بابن مسوّد زاده الطرابزوني مولداً وموطناً. حاشية الطرابزوني المدني على الطريقة المُحَمَّدية للبركوي (البركيلي). توجد حاشية كاملة على الهوامش والأوراق المضافة، مكتوبة باللَّون الأسود واللون الأحمر، وقد سوّدها الشيخ مُحَمَّد بن مَحْمُوْد الطرابزوني المدني واعتمد الكثير من الشروح والحواشي وأشار إلى مصادره ومراجعه. تمت مقابلة هذا الكتاب على خط مؤلفه حسب الطاقة سنة 1187 ه/ 1773م على يد الشيخ مُحَمَّد المدني. شرح الطرابزوني المدني على الدر المنظم في شرح الحزب الأعظم، لعلي القاري. سنة 1199 ه/ 1784م، في بلدة القسطنطينية. ومنه نسخة مخطوطة سنة 1272 ه/ 1855م. (انظر؛ الرَّقْم الْحَمِيْدِيّ: 814. المخطوطة بخط المؤلف الطرابزوني). كتب الشيخ المدني الكثير من المخطوطات المحفوظة في مكتبة السليمانية وغيرها، وعلق على المخطوطات، وبيّن نوعية عملها بها، ومن تلك المخطوطات: شرح الشفاء الشريف/ الأول والثاني؛ لعلي بن سلطان مُحَمَّد القاري، صحَّح هذه المخطوطة مُحَمَّد المدني، من النسخ المتعددة، ومن خط المؤلف، وفرغ من التصحيح سنة 1193 ه/ 1779م حينما كان مدرساً في جامع السُلَيْمَاْنيَّة. الشفا بتعريف حقوق المُصْطَفَى؛ للقاضي عياض بن موسى اليحصبي ت 544 ه/ 1149م، تم تصحيح هذا الكتاب مع الإقراء على يد الشيخ مُحَمَّد بن مَحْمُوْد المدني يوم الجمعة عاشر رجب من سنة 1193 ه/1779م. كتبت التَصْحِيْحَات باللَّون الأحمر. دلائل الخيرات، وشوارق الأنوار في ذكر الصلاة على النبي المختار. للجزولي ت 870 ه/ 1465م (انظر الرَّقْم الْحَمِيْدِيّ: 213). آخِرُهُ:... هذا آخر الكتاب في النسخة السهلية، وفي غيرها زيادة: «وَالْحَمْدُ لِلَّهِ رَبِّ الْعَالَمِينَ». وزاد في بعض النسخ بعد هذا: وهو حسبنا ونعم الوكيل. هذه المخطوطة مميزة، وتثبت أن علماء المسلمين سبقوا المستشرقين في اكتشاف طرق التحقيق العلمي بالمقارنة بين النسخ، وتثبيت الفوارق بينها، فهذه المخطوطة تتَضَمَّن مقارنة بين مخطوطات عدة معتمدة، ومميزة بلون الحبر. وقد قال فيها الشيخُ الطرابزوني المدني الناسخ: الحمد لله... نسخ كثيرة سَهْلية وغيرها... السهلية مميزة بمداد أسود، والتي تخالفها إنْ كانت نسخة بدل ما في السهلية أكتُبها بمداد أخضر، وإن كانت زائدة عليها أكتبها بمداد أحمر، وأكتب الفصول بمداد أحمر... والنسخة السهلية كتبها الشيخ أبو عبد الله مُحَمَّد الصغير السهلي قبل وفاة مؤلفها بثمان سنوات سنة 862 ه، و السهلي هو تلميذ الجزولي، وخليفته في طريقته. وتتفق المصادر في أن «أبا عبدالله محمد بن سليمان بن أبي بكر الجزولي السملالي» ينتسب إلى «جزولة» وهي قبيلة من قبائل البربر استقرت في منطقة «السوس» في مراكش. ونسبه يعود إلى الحسن بن علي رضي الله عنهما، ولكن «دائرة المعارف الإسلامية» تلقي ظلالاً من الشك على صدقية هذا النسب، قائلة إننا لا نعرف على وجه التحقيق شيئاً عن أبيه وجده، ناهيك عن أجداده الأقدمين. أما كتابه الأشهر «دلائل الخيرات وشوارق الأنوار في ذكر الصلاة على النبي المختار»، فإن حاجي خليفة يقول في «كشف الظنون» إن للدلائل اختلافاً في النسخ لكثرة روايتها عن المؤلف رحمه الله، لكن المعتبر نسخة الشيخ أبي عبدالله محمد الصغير السهلي، وكان من أكابر أصحابه، وكان المؤلف صحّحها قبل وفاته بثماني سنوات، يعني ضحى يوم الجمعة سادس ربيع الأول سنة 862 هجرية. كشف الظنون: 1/759-758. وبناء على هذه المعلومات تكون نسخة الشيخ محمد المدني الطرابزوني من المخطوطات الموثقة النادرة. حياة القلوب في الموعظة للسينوبي. تصحيح الشيخ مُحَمَّد بن مَحْمُوْد الطرابزوني المدني. الزبدة في شرح قصيدة البردة. الناسخ: نور الدين بن عبدالرحمن الزبيري، سنة 1160 ه. والمُؤَلِّف: علي القاري، ت 1014 ه/ 1606م . وفي آخرها ما نَصُّه: «قد قابلتُ هذه النسخة على أصل كُتِبَتْ عليه، ونُقِلَتْ عنه لكِنَّهُ مُحرَّف ومُصحَّف جداً، وصَحَّحْتُ بعضَ مُصحفاته بقدْرِ الإمكان والبعضَ الآخر ما قَدِرْتُ على تصحيحه لكن نرجو من الله تعالى أن يُطلعني على نسخة صحيحة منها حتى أقابله مرة أُخرى. عام 1165 ه/ 1752م في شهر رمضان. وافق الفرغ من المقابلة طلوع الشمس يوم القدر». «الحمد لله الذي أطلعني على نسخة قابلتُ عليها هذه النسخة في أواخر شوال سنة 1189 ه/ 1775م في إسلامبول، والمقابلة الأولى عقب الاستكتاب كانت بمكة. كتبه الشيخ مُحَمَّد المدني الطرابزوني».. رسالة إنقاذ الهالكين للبركوي (البركيلي). النسخ سنة 1156 ه/ 1743م. وإيقاظ النائمين وإفهام القاصرين للبركوي (البركيلي). النسخ سنة 1156 ه/ 1743م. في مكةالمكرمة. وجلاء القلوب للبركوي (البركيلي). الناسخ مُحَمَّد بن مَحْمُوْد المدني الطرابزوني، سنة 1157 ه/ 1744م في مكةالمكرمة. بلغ المقابلة حسب الطاقة. مجموع فيه 34 رسالة تأليف ابن نجيم المصري ت970ه/ 1563م. (انظر الرَّقْم الْحَمِيْدِيّ: 1048/34. عَدَدُ الأَوْرَاْق: 130، تاريخ التأليف سنة 951 ه/ 1544م. وتوجد تعليقات وتَصْحِيْحَات على الهوامش بخط الشيخ مُحَمَّد بن مَحْمُوْد المدني الطرابزوني.). الحرز الثمين في شرح الحصن الحصين لعلي القاري. الناسخ حسين بن مُصْطَفَى بن يوسف، سنة 1144 ه/. قال كاتبه: كتبت وحررت هذه النسخة الشريفة من خط مؤلفه بعون الله تعالى بمكة المشرفة المكرمة في النصف الأول من رجب الفرد من شهور عام ثلاث وخمسين وألف من الهجرة النبوية عليه أفضل التحية (أيلول/ سبتمبر 1643م)، وقد كَتَبَهُ كاتبُهُ من هذه النسخة المكتوبة من خطِّ مؤلفه رحمه الله تعالى، وأنا الفقير السَّيِّد حسين بن الحاج مُصْطَفَى بن يوسف... تمت بعون الله تعالى وتوفيقه في اليوم السابع عشر من شهر رجب المبارك في يوم الاثنين في سنة أربع وأربعين ومائة وألف 1731م. تمّ. قُوبِلَتْ هذه النسخة بمكةالمكرمة بعد الظهر قبيل العصر يوم الثلاثاء وقد خلت أحد عشر يوماً من شهر رجب عام ألف ومائة وستة وستين 1166 ه/ أيّار/ مايو 1753م. م م م. وهذه الميمات الثلاث تعني: مُحَمَّد بن مَحْمُوْد المدني الطرابزوني. الناسخ: والمحشي مُحَمَّد المدني وخطه معروف. وقف أمينة خانم والدة مُحَمَّد المدني الطرابزوني على السُلَيْمَاْنيَّة. رقم السي دي: 31474.