اعتبر رئيس الحكومة الإسرائيلية بنيامين نتانياهو، هجوم وزراء ومسؤولين إسرائيليين على الرئيس الأميركي باراك أوباما، وانتقاد قراره بتأجيل الضربة العسكرية، يمس بالأمن القومي الإسرائيلي، ودعا وزراء حكومته إلى التزام الصمت وعدم إطلاق التصريحات. غير أن وزراء اليمين المتطرف رفضوا دعوة نتانياهو، وأعلن وزير الإسكان أوري ارئيل، أن "قرار أوباما يعكس ضعف شخصيته وحقيقة أن الولاياتالمتحدة، لن تتخذ قرارات تضع حداً للمشروع النووي الإيراني"، ودعا إلى "التحرك وعدم الصمت إزاء ما يحدث في سورية". من جهته حرص نتانياهو، في مستهل جلسة حكومته، على عدم المس بالعلاقة مع الولاياتالمتحدة، وإلى طمأنة الإسرائيليين بقدرات جيشه على الدفاع عنهم وحمايتهم قائلا:" إسرائيل مطمئنة وتثق بنفسها. المواطنون يعلمون علم اليقين بأننا على استعداد لأي سيناريو محتمل، ويتعين عليهم أن يعلموا أيضاً بأن لأعدائنا مبررات جيدة جداً، لكي لا يختبروا قوتنا ومتانتنا، وهم يعرفون الأسباب لذلك". وشهدت إسرائيل خلافات في تقييم قرار أوباما وسبل التعامل مع الملف السوري، إزاء الموقف الأميركي، إذ اعتبر الرئيس السابق لمجلس الأمن القومي وشعبة الاستخبارات عوزي ديان، أن "القرار يلزم إسرائيل بالاعتماد على جيشها"، غير أنه "شدد على ضرورة تنفيذ الموقف الإسرائيلي بعدم التدخل في الشأن السوري، إلا إذا انتقل الصراع إلى إسرائيل". وأكد ديان على أنه "يجب تقوية العلاقات والقيم الموحدة والتنسيق الاستراتيجي والاحترام المتبادل مع واشنطن"، وحذر قائلا:"ايران تشاهد ما يحدث وتنتظر كل نقطة ضعف أميركية أو إسرائيلية، والنتيجة الاستراتيجية غير مفاجئة، وهي أنه إذا لم أعتمد على نفسي فمن سيساعدني؟، يجب أن لا نعتمد إلا على الله وقوات الاحتياط". من جهته، رأى رئيس الاستخبارات العسكرية الإسرائيلية السابق عاموس يدلين، أن "قرار أوباما بتأجيل الضربة خطوة قد تكون في صالح توجيه ضربة عسكرية أكبر وأكثر فاعلية، لأن التأجيل بانتظار قرار الكونغرس سيتيح للإدارة الأميركية إجراء مزيد من المداولات، وبالتالي توسيع نطاق الأهداف العسكرية ضد سورية".