تكرس اتجاهان داخل الحكومة المغربية في شأن كيفية التعامل مع الجزائر يدعو اولهما الى مزيد من الانفتاح وتبادل الزيارات بل وحتى تنشيط العلاقات التجارية والاقتصادية بين البلدين، بينما يدعو الثاني الى ابقاء العلاقات والاتصالات في اطار وزارتي الخارجية والداخلية، اي ابقاء التعامل في اطار الشكليات الديبلوماسية والعلاقات الامنية. وحجة هذا الاتجاه الثاني هي ان موقف الجزائر من قضية الصحراء لا يزال متشددا، خصوصا بعد رفضها رسميا خطة المبعوث الاميركي جيمس بيكر الذي دعا الى تجاوز تنظيم استفتاء في الصحراء يتعثر منذ 1992 واقترح "حلا ثالثا" يقضي بمنح المنطقة حكما ذاتيا موسعا تحت السيادة المغربية. وكان العاهل المغربي الملك محمد السادس قد وجّه اعضاء الحكومة المغربية في وقت سابق بعدم اقتصار الاتصالات مع الجزائر على وزارتي الخارجية والداخلية. وفي الجانب الاخر فان المدافعين عن التطبيع بين البلدين على رغم مواقف الجزائر من قضية الصحراء يرون ان تنشيط العلاقات الاقتصادية والتجارية سيساعد في ايجاد اجواء ايجابية تنعكس على العلاقات الثنائية. وادى تردي العلاقات بين المغرب واسبانيا الى تعزيز موقف اصحاب هذا الطرح الذين يرون ان الرباط لا يصح ان تكون "محاصرة" بعلاقات متوترة من الشرق الجزائر والجنوب الصحراء والشمال اسبانيا. وحتى الان لم تنجح جهود حكومة عبد الرحمن اليوسفي في فتح الحدود المغلقة بين البلدين منذ صيف 1994. وكان اليوسفي قد طلب من الملك الراحل الحسن الثاني عندما تولى رئاسة الوزراء في 1998 السماح له بان يحاول فتح الحدود مع الجزائر، ووافق الملك لكنه عبر عن تشاؤمه في هذا الخصوص. وراح اليوسفي يطلق اشارة تلو الاخرى حول الحدود، بيد ان الجزائر كانت ترد بانه لا يمكن فتح الحدود بين البلدين من دون تسوية جميع المشكلات العالقة الاخرى. وبعد تولي الملك محمد السادس الحكم، نقلت وزارة الخارجية رسالة منه الى الرئيس عبد العزيز بوتفليقة تدعو الى فتح الحدود المغلقة دون قيد او شرط، وكان رد بوتفليقة ان "الحدود مفتوحة وليست مغلقة"، في اشارة الى عمليات التهريب الواسعة النطاق التي تتم بين البلدين والتي تشمل المواد الغذائية من المغرب الى الجزائر في مقابل المواد النفطية والسلع المدعومة في الجزائر مثل الادوية الى المغرب.