تشهد الجامعات والمعاهد العراقية انتشاراً واسعاً للتيارات الدينية التي تنشئ تنظيمات طلابية تابعة لها. ويرى طلاب في جامعة بغداد أن هذه التنظيمات التي عرفت بالحركات الطلابية تحمل افكاراً واتجاهات دينية قيدت حريتهم، وبدأت تفرض على الكليات قرارات معينة بتوجيه من الأحزاب التي تمثل هذه التنظيمات واجهاتها. ويلفت همام محمد طالب في كلية العلوم السياسية ان هذه التيارات"ألغت كل المناسبات الطلابية واقتصرت احتفالاتها على المناسبات التي خلقت انقسامات وتكتلات"، مضيفاً ان"هذه الأطراف بدأت بتأجير نادي الكلية لمنع بث الأغاني داخله، اضافة الى الترويج للأحزاب التابعة لها، خصوصاً في أوقات الانتخابات. وانها تعلق لافتات تتضمن شعارات هذه الأحزاب على جدران الكلية، فضلاً عن التدخل في الحياة الخاصة بالوسط الجامعي مثل منع حفلات التخرج على رغم موافقة عمادة الكلية عليها". ويقول الطالب سيف كريم، من الجامعة المستنصرية:"بعد اجراء انتخابات اتحاد الطلبة ألغيت الحركات الطلابية، إلا أن أفرادها ما زالوا يشكلون مراكز قوى، وما يحصل في الساحة السياسية ينعكس مباشرة على الجامعة"، مستدلاً على ذلك بكون"الانقسامات الحاصلة بين الطلبة شبيهة بانقسامات الكتل السياسية في البرلمان العراقي". ويلعب الوضع الأمني السيئ دوراً في نشاطات الطلاب وسلوكياتهم. وتقول الطالبة علياء هادي انها اضطرت الى تغيير ملابسها السابقة وارتداء الحجاب كباقي زميلاتها"خوفاً من التهديدات التي تتعرض لها في منطقتها وفي الجامعة"، وانها ستؤجل الدراسة هذا العام بسبب تردي الوضع الأمني. ويسعى الكثير من الطلاب للحصول على فرص للدراسة خارج العراق، خصوصاً أن هناك الكثير من الجامعات العربية والأوروبية بدأت تعرض زمالات دراسية للعراقيين عن طريق شركات عراقية لا تعرف هوية معظمها. وقال طالب، رفض كشف اسمه جامعة بغداد إن مسلحين في المنطقة المحيطة بكليتهم يطالبونهم بالدوام السبت قائلين لهم انه"عطلة اليهود ولا يجوز جعله يوم عطلة بالنسبة إليهم". على الصعيد ذاته، أصدرت وزارة التعليم العالي قراراً يمنع المظاهر السياسية والدينية في الجامعة، لإزالة الاحتقان بين الطلاب وعدم تسييس الجامعات. ويتعرض الأساتذة الى عمليات قتل وخطف ينفذها مسلحون مجهولون كان آخرها اغتيال الدكتور جاسم الذهبي عميد كلية الادارة والاقتصاد في جامعة بغداد. وتؤكد الاحصاءات الرسمية اغتيال 215 استاذاً جامعياً.