يستمد السيد محمد باقر الحكيم أهميته من انتمائه إلى عائلة ارتبطت ارتباطاً وثيقاً بالمرجعية الشيعية في النجف، وعلى رغم طغيان الموقع السياسي على الموقع المرجعي في سيرته حاول في الأشهر الأخيرة من حياته قلب هذه المعادلة، من خلال تخليه عن القيادة المباشرة ل"المجلس الأعلى للثورة الاسلامية" في العراق لشقيقه عبدالعزيز، في حين انتقل هو الى النجف ليتصدى منها للعمل المرجعي. وفعل الحكيم ذلك انطلاقاً من ادراكه ان قيادة الشيعة في العراق لا يمكن ان تتم الا من عاصمتهم النجف. وخطا خطوته ايضاً معظم المراجع العائدين الى العراق بعد سقوط النظام. علماً ان السيد محمد باقر الحكيم هو خال شقيق والدة السيد محمد سعيد الحكيم الذي تعرض بدوره قبل أيام لمحاولة اغتيال من خلال انفجار استهدف مكتبه. ومحمد سعيد الحكيم هو المرجع الثاني من حيث الاهمية في العراق بعد السيستاني. الخطوة اللافتة التي ترافقت مع عودة الحكيم من ايران الى العراق تمثلت بقبول "المجلس الاعلى للثورة الاسلامية" بأن يُمثل في مجلس الحكم الموقت في العراق بمنسقه العام السيد عبدالعزيز الحكيم. وهذه الخطوة فسرت بأنها بداية ابتعاد عن ايران التي طالما اتهم المجلس بالولاء لها، ويؤكد رجال دين شيعة محايدون ان علاقة الحكيم بإيران لم تصل الى حد القطيعة في المرحلة الاخيرة، لكنها لم تكن يوماً علاقة تبعية كاملة. علماً أن هناك اشارات كثيرة التقطت في الفترة الاخيرة تؤشر الى خلافات بين المجلس الاعلى وأطراف شيعية غير عراقية ربطتها في السابق علاقات تحالف مع المجلس، ومن هذه الاشارات ما سبق ان لمح اليه السيد عبدالعزيز الحكيم في مقابلة مع "الحياة" فقال إن قيادة المجلس فاتحت "حزب الله" اللبناني في مسألة مهادنة الحزب للنظام العراقي، ووقوفه الى جانب القوى التي تعارض اسقاط النظام، وتردد ان المجلس الاعلى اقفل مكاتبه في الضاحية الجنوبية لبيروت حيث يتمتع "حزب الله" بنفوذ كبير، بسبب فتور في العلاقة مع الحزب. ومعروف أن "المجلس الاعلى للثورة الاسلامية" في العراق، الذي كان يتولى محمد باقر الحكيم زعامته، كان نقل الكثير من مؤسساته الى مدينة النجف، فاستولى مؤيدوه على عدد من المراكز السابقة لحزب "البعث" في المدينة، واتخذت قيادته من هذه المراكز، مكاتب لها، خصوصاً على المدخل الشمالي للمدينة، ويلاحظ زائر النجف ان "المجلس الأعلى" ومؤسساته الرديفة هو الأكثر انتشاراً في المدينة من الأحزاب الشيعية الاخرى. علماً ان العناصر الموجودة في هذه المكاتب والتي تتولى ادارتها وأمنها معظمهم من العائدين حديثاً من ايران. وسبق ان اثار وجود هذه العناصر، ضمن وحدات "فيلق بدر"، الاميركيين الذين اتهموا المجلس بأنه يشكل جسراً للنفوذ الايراني في العراق، لكن هذا الكلام تراجع وتوقف الاميركيون عن اتهام المجلس لكنهم استمروا في اتهام الايرانيين بمحاولة الدخول على خط الأزمة في العراق. وفي النجف أيضاً تمكن السيد محمد باقر الحكيم بعد عودته اليها قبل شهور، من حجز موقع له على رغم غيابه الذي استمر اكثر من 23 سنة، وعلى رغم عدم اعتباره من المراجع الاولى في النجف، ولكنه استفاد اولاً من الموقع الذي توفره له عائلته، ومن السمعة التي كسبها جراء معاداته النظام. ويتحدث رجال دين شيعة التقتهم "الحياة" عن ان المرجعية الشيعية الحالية والمتمثلة بالسيستاني يعوزها الكثير من الشروط لكي تتحول الى مرجعية عامة وتاريخية كالتي كان يمثلها السيد ابو القاسم الخوئي، وهو ما يفسر وجود اكثر من مرجع حول السيد السيستاني مثل السيد بشير النجفي باكستاني والشيخ الفياض أفغاني، إضافة الى السيد محمد سعيد الحكيم، وقد تحلق هؤلاء حول السيستاني وتحولوا الى ما يشبه مرجعية جماعية وهو امر نادر الحصول في النجف. لكن ضعف المرجعية هذا لا يعني تراجع دور مدينة النجف بالنسبة الى المسلمين الشيعة، بل العكس فقد تضاعف دور المدينة فور سقوط النظام، وشرعت الحوزة الدينية فيها تستعيد دوراً كانت فقدته خلال سنوات حكم صدام حسين، وبدأ الكثير من المراجع الشيعية يتقاطرون الى المدينة، وخصوصاً من ايران التي تركها، إضافة الى حليفها السابق السيد محمد باقر الحكيم، السيد حسين الخميني حفيد مفجر الثورة الايرانية، ورجال دين آخرين. وتحدثت معلومات عن ان الايرانيين متوجسون من تعاظم دور المدينة ومن نزوح المراجع من مدينة قم الى النجف، هذا النزوح لن تقتصر نتائجه على اضعاف الحوزة الايرانية بل ستمتد نتائجه الى الشيعة الايرانيين الذين طالما تطلعوا الى النجف على انها وجهتهم الاولى قبل قم، وهذا يعني حسب مراقبين وخبراء، تصدعاً كبيراً في المرجعية الايرانية التي تشكل عصب النظام في ايران. في الاشهر الخمسة الفائتة شهدت النجف انقلاباً كبيراً في اوضاعها، من مدينة ساكنة ومطفأة الى مدينة تزدحم فيها الطموحات القاتلة. وكانت الثمرة الاولى لتزاحم الغايات والنيات، المقتلة الرهيبة التي اودت بالسيد عبدالمجيد الخوئي امام ضريح الإمام علي، ثم تبعتها احداث مماثلة لعراقيين مغمورين، وجاء الانفجار في مكتب السيد محمد سعيد الحكيم ممهداً لانفجار الامس الكبير، الذي أودى بحياة السيد محمد باقر الصدر وهو وقع ايضاً امام ضريح الإمام علي، الذي سيكون على ما يبدو شاهداً على كثير من مآسي العراق.