حملت إيران من خلال أعلى سلطة فيها على "تقاعس الدول الإسلامية عن نصرة الشعب الفلسطيني في مواجهة إسرائيل"، ووجه الرئيس محمد خاتمي انتقاداً شديداً إلى رؤساء الدول العربية الذين شاركوا في القمة العربية في القاهرة، ودعاها إلى قطع علاقاتها كافة مع إسرائيل، وتقدم بالشكر إلى الدول التي أقدمت على ذلك. وعبرت هذه التصريحات عن حال الغضب في طهران، بعدما دعت إلى اجتماع عاجل لوزراء خارجية دول منظمة المؤتمر الإسلامي، ولم تلق دعوتها استجابة. وحذر مرشد الجمهورية آية الله علي خامنئي من أن أي تقاعس من الدول الإسلامية ذات النفوذ، ومن المحافل الإسلامية عن دعم القضية الفلسطينية، إنما يصب في "مصلحة الظالم الإسرائيلي ويطيل أمد عملية تحرير الأرض الفلسطينية". وجاءت مواقف آية الله خامنئي خلال استقباله سفراء الدول الإسلامية وكبار مسؤولي النظام في ذكرى البعثة النبوية، وشدد على أن باستطاعة قادة البلدان الإسلامية تحويل هذه المرحلة من التاريخ الفلسطيني إلى مرحلة مصيرية إذا أدوا واجبهم تجاه القضية. وأكد خامنئي على "حتمية عودة فلسطين إلى أحضان العالم الإسلامي". خاتمي وتزامنت انتقادات خامنئي مع انتقاد شديد وجهه خاتمي إلى نظرائه رؤساء الدول العربية، وقال إن "لديه عتباً شديداً على الاخوة في مؤتمر القمة العربية لأنهم لم يلبوا مطالب العالم الإسلامي". ولاحظ خاتمي وجود "خطأ فادح"، وأضاف: "إذا ألقينا نظرة أخرى إلى ما يحدث في فلسطين لسعينا إلى تعبئة قوى العالم الإسلامي كافة للتصدي الحاسم لأولئك الذين احتلوا أراضي اخوتنا". وكان خاتمي يتحدث إلى السفراء والملحقين العسكريين للدول الإسلامية المعتمدين لدى طهران.