علق الأكاديمي في جامعة الملك سعود فهد العجلان على كتاب الخلافات السياسية بين الصحابة قائلاً: «أتصوّر أن ثمّة فرقاً بين نقد الوقائع.. ونقد الأشخاص.. وأرى أنّ الدكتور الشنقيطي خلط بينهما في الكتاب، فالمنهج الشرعي هو في احترام شخصيات الصحابة وعدم الطعن فيهم أو حمل أفعالهم على غير المحمل الحسن أو شحن النفوس ضدّهم وأما أفعال الصحابة فهي أفعال اجتهادية تعرض على الدليل وتنتقد وتناقش من قديم، وليس فيه أي حرج، صحيح أن الشخص لا يتعامل مع أقوال الصحابة كما يتعامل مع غيرهم بل يكنّ لهم قدراً واحتراماً لكن في النهاية ليست أقوالهم في حال الخلاف أقوال معصومة، أعتقد أن هذه من المسلمات التربوية والمنهجية». وأضاف: «هذا شيء والتعرّض لذات الصحابي وغمزه والطعن في نيته والبحث عن دوافع شخصية لأقواله شيء آخر، والمثال الشاهد عليه، تولية معاوية رضي الله عنه لابنه يزيد، وهو المثال الذي أطال النفس فيه الشنقيطي وعاب فيه العلماء» مؤكداً أن «الحقّ أن العلماء لم يصحّحوا فعل معاوية رضي الله عنه بل اعترض عليه من قديم، وكانوا يذكرون أن الشورى هي الأصل وأن العهد مخالفة لسنة الخلفاء الراشدين، لكنهم كانوا يتأولون لمعاوية ويحسنون الظن به ويبحثون عن عوامل كانت عذراً له من دون أن يكون هذا الفعل سبباً للطعن والتعرض لشخص معاوية». وشدد على أنه «لا حاجة للطعن فيه وأنه يريد الدنيا و.. إلخ المطاعن التي للأسف انساق خلفها الشنقيطي، ولا علاقة لها بالمبادئ، فليس من المبادئ في شيء أن أطعن في شخص معاوية، فليس ثمة مصلحة ولا مبدأ في أنه لا بدّ من اتهام معاوية بمقاصد خفية». ملخصاً رأيه بقوله: «فالكفّ عن الخوض إنما هو عن البحث في النيات والمقاصد، أو في المسائل التاريخية التي لا أحكام فقهية مترتبة عليها، أو لمن لا يستفيد منها ولا يستطيع أن يستجمع كامل أحداثها فتكون سبباً لأن يُساء الظن بالصحابة، فالمقصود حفظ مكانة الصحابة وتقديرهم، وليس تقديساً لأفعالهم أو جعلها معصومة مطلقاً».