بات واضحاً حجم التعاون والتفاهم الذي تتمتع به العلاقة بين «القاعدة» وطهران، إذ أثبتت وثائق منسوبة للزعيم السابق ومؤسس تنظيم القاعدة أسامة بن لادن وجود تعاون لوجستي بين التنظيم وإيران. ووفقاً للوثائق التي أفرجت عنها الولاياتالمتحدة، وتقول إنها حصلت عليها من منزل ابن لادن في أبوت آباد في باكستان خلال عملية اغتياله، فإن تنظيم القاعدة قام بحماية المراقد الشيعية بالعراق في مقابل منح طهران إياه ممراً آمناً لمراسلاته وأمواله وملجأ يؤوي قادة التنظيم وعائلاتهم. فبعد نحو خمسة أعوام من مقتل زعيم «القاعدة» أسامة بن لادن أفرجت الولاياتالمتحدة عن وثائق تظهر علاقة وثيقة بين القاعدة وإيران، لكنها لم تصل حد الثقة. وأكدت هذه الوثائق امتلاك إيران أوراق ضغط تمارسها على تنظيم القاعدة في سبيل تسخيره لخدمة أهدافها السياسية، كاستغلال نشاطه لإزعاج الأميركيين في العراق، كما تظهر هذه الوثائق امتلاك التنظيم أوراق قوة فاوض فيها الإيرانيين. ووفقا للإدارة الأميركية، فإن هذه الوثائق عثر عليها في أيار (مايو) 2011، أي في خضم جولات مفاوضات الملف النووي بين إيران والغرب. وإلى جانب تأكيدها نوعاً من ارتباط المصالح بين إيران و«القاعدة» فقد أثارت الوثائق تساؤلات عن حقيقة وجود تقاطع مصالح آخر بين إيران وتنظيم الدولة الإسلامية، وخصوصاً في العراق وسورية، إذ تبرز أحاديث ميادين القتال في سورية إحجاماً لحلفاء إيران عن مقاتلة التنظيم، في مقابل خوضهم قتالاً شرساً ضد فصائل المعارضة الأخرى. وكانت مصادر استخباراتية أميركية أعلنت بعد الاتفاق النووي بين إيران والغرب في تموز (يوليو) 2015 صفقة بين إيران و«القاعدة» أطلقت فيها طهران سراح خمسة من أبرز قادة التنظيم في مقابل إخلاء القاعدة سبيل ديبلوماسي إيراني اختطف في اليمن. يشار إلى أن أكثر من 500 من عناصر التنظيم وعائلاتهم لجؤوا إلى إيران بعد ضربات 11 سبتمبر 2001.
