أشاد المشاركون في مؤتمر الإرهاب في المدينةالمنورة ببيانهم الختامي بجهود خادم الحرمين الشريفين الملك عبدالله بن عبدالعزيز آل سعود، وتبنيه لقضايا الحوار الوطني والحوار بين الحضارات، وما لذلك من أثر بالغ في قبول الآخر والقضاء على منابع فكر التطرف والإرهاب، ولذا دعا المؤتمر كل العلماء والمفكرين والمثقفين في العالم أجمع إلى الوقوف في وجه دعوة صراع الحضارات، والمواجهة بين الأديان، وإثارة النزاعات والفتن العنصرية التي تستهدف الإسلام والمسلمين وغيره من الأديان السماوية. وعبّر المشاركون في المؤتمر عن تأييدهم لاقتراح المملكة العربية السعودية إنشاء مركز دولي لمكافحة الإرهاب الوارد في ختام أعمال المؤتمر الدولي لمكافحة الإرهاب الذي تم عقده في مدينة الرياض عام 2005. وأشاد المشاركون في المؤتمر بجهود المملكة العربية السعودية في مكافحة الإرهاب أمنياً وفكرياً، وفي معالجتها الحكيمة للفكر الضال بما استحدثته من لجان للمناصحة وإعادة التأهيل والرعاية اللاحقة لمعتنقي الفكر الضال. كما أشادوا بجهود علماء المملكة العربية السعودية في تصدّيهم وتصحيحاتهم للأفكار المنحرفة وكشفهم لتلبيسات قادة الفكر الضال، ودعوا الدول المعنية بمكافحة الإرهاب إلى الاستفادة من التجربة السعودية في هذا المجال. ورفع المشاركون في المؤتمر برقية شكر وامتنان للملك عبدالله بن عبدالعزيز لموافقته السامية على عقد هذا المؤتمر، واستضافة المملكة العربية السعودية للمؤتمر في رحاب الجامعة الإسلامية. كما رفعوا برقيات شكر وتقدير إلى ولي العهد نائب رئيس مجلس الوزراء وزير الدفاع والطيران المفتش العام الأمير سلطان بن عبد العزيز آل سعود على عنايته بالمؤتمر، والى النائب الثاني لرئيس مجلس الوزراء وزير الداخلية الأمير نايف بن عبدالعزيز آل سعود لرعايته للمؤتمر، واعتبار كلمته في افتتاح المؤتمر وثيقة من وثائق المؤتمر، وكذلك إلى أمير منطقة المدينةالمنورة عبدالعزيز بن ماجد، لمتابعته أعمال المؤتمر، والى وزير التعليم العالي الدكتور خالد العنقري. وأوصى المشاركون برفع التوصيات إلى وزارة التعليم العالي والجهات ذات العلاقة لتفعيل ما ورد في بنود التوصيات.