يحوي البحر الأحمر شعاباً مرجانية ذات تنوع إحيائي فريد متميز تعكس تبايناً صارخاً من حيث الخصائص الحيوية والبيئية ومن حيث درجة التأثير البشري. تشكل هذه الشعاب جزءاً من الإقليم الباسيفيكي – الهندي الأعظم وتعبر من الوحدات الأكثر تنوعاً خارج نطاق المثلث المرجاني لجنوب شرق آسيا إضافة إلى احتوائها على العديد من الأنوع المتوطنة التي لا توجد في اي مكان آخر في العالم. كما تضم بعض التجمعات الشعابية الشمالية الأكثر عرضة للظروف المناخية القاسية المتمثلة في النهايات العليا والدنيا لدرجات الحرارة ودرجات الملوحة العالية التي تتجاوز 42.5. ppt إلى جانب تعرضها لمعدلات عالية من الإشعاع الشمسي. ويتميز البحر الأحمر وسط المحيطات العميقة باحتوائه على درجات حرارة دافئة غير عادية تمتد مئات الأمتار داخل المياه العميقة. وتشتهر معظم أجزائه بالشعاب المرجانية الحافية الضيقة التي تمتد لعشرات الأمتار من الشاطئ بمحاذاة عدة مناطق من الساحل السعودي مثل ضفة الوجه إضافة إلى الشعاب التي على شكل حواجز بمنطقة ينبع في الشمال وصولاً إلى ضفاف جزر فرسان في الجنوب والتي تحتوي على حشائش بحرية كثيفة إلى جانب الشعاب ونباتات المانجروف. كما تحتضن هذه المناطق تشكيلة متنوعة من الشعاب مثل الشعاب المتفرقة الحافية والقبابية والأخدودية والفرعية والجزر المرجانية والتي على شكل حواجز إضافة إلى تجمعات الأصداف المرجانية التي تنمو على أرضيات كلسية وطحلبية. وهنا العديد من الضغوط والتأثيرات السلبية التي تعاني منها الشعاب المرجانية في البحر الأحمر، ولقد أوضحت البروفيسور سيلفيا إيرل، في محاضرة لها في "ندوة المحافظة على الشعاب المرجانية في البحر الأحمر" أن الضغوط البشرية على البحر الأحمر تختلف تبعاً للمشاريع التطويرية والتنموية على الساحل السعودي على الرغم من أن أجزءا كبيرة منه لا تزال على طبيعتها غير أن التلوث وإطلاق مياه المجاري و عملية الطمر تؤثر على الشعاب التي بمحاذاة المناطق السكانية مثل ينبعوجدة وجازان وبشكل خاص محطات التحلية بالقرب من المدن الكبرى إضافة إلى تدفق المياه الدافئة عالية الملوحة المشتملة على المواد الكيماوية والمخلفات الصناعية.