حازت مؤسسة محمد وعبدالله إبراهيم السبيعي الخيرية شهادة الجودة العالمية (الأيزو 9001 -2000) نظير استيفائها لمتطلبات إدارة نظام الجودة العالمي المعتمد من قبل 170 دولة، وكذلك تطبيق إداراتها وأقسامها كافة للمعايير القياسية في التعاملات الإدارية. كما فازت المؤسسة بجائزة أفضل بيئة عمل سعودية في المنظمات غير الربحية بالمملكة لعامين متتاليين نظير مواصلة نجاحاتها التي حققتها في مجال الاستثمار بالموارد البشرية، ووضع أنظمة حديثة ومتوازنة لجميع الوظائف داخل المؤسسة.