مصادر مياه بئر زمزم، حسب تأكيدات المهندس يحيى كوشك، ووفق التحديد الذي قام به مع الفريق العلمي الذي رأسه عام 1400 ه ونشر نتائجه في كتابه «زمزم»، عبارة عن فتحة تحت الحجر الأسود مباشرة وطولها 45 سم، وارتفاعها 30 سم، ويتدفق منها القدر الأكبر من المياه. فيما المصدر الثاني فتحة كبيرة باتجاه المكبرية «مبنى مخصص لرفع الأذان والإقامة مطل على الطواف»، وبطول 70 سم، ومقسومة من الداخل إلى فتحتين، وارتفاعها 30 سم. كما أن هناك فتحات صغيرة بين أحجار البناء في البئر تخرج منها المياه، خمس منها في المسافة التي بين الفتحتين الأساسيتين وقدرها متر واحد، كما توجد 21 فتحة أخرى تبدأ من جوار الفتحة الأساسية الأولى، وباتجاه جبل أبي قبيس من الصفا، والأخرى من اتجاه المروة.