بات مسجد الراية التاريخي داخل دائرة الإزالة المنتظرة في المرحلة المقبلة وذلك ضمن عمليات الهدم في منطقة الغزة التي تشمل قرابة 24 عقارا سيتم إزالتها لصالح توسعة الساحات الشمالية للمسجد الحرام. عن تاريخية مسجد الراية يقول أستاذ التاريخ والحضارة بجامعة أم القرى الدكتور فواز بن علي الدهاس: «من المعروف أن رسول الله صلى الله عليه وسلم دخل مكة من أذاخر بعد أن فرق جيشه من ذي طوى وحدد لهم مسارات يسلكونها في دخولهم لها، واستمر صلى الله عليه وسلم حتى أقبل من أعلاها فضربت له قبة هناك، وربما لم تكن بعيدة عن موضع مسجد الراية» مشيرا إلى أن المسجد لا يزال معروفا حتى اليوم بمنطقة المعلاة، ويُقال إن النبي صلى الله عليه وسلم صلى فيه وبناه عبدالله بن عبيدالله بن العباس ويُقال إنما سمي بمسجد الراية؛ لأن النبي صلى الله عليه وسلم ركز رايته في هذا الموقع يوم الفتح وصلى فيه، ويوجد بجوار هذا المسجد إحدى الآبار القديمة وتُعرف ببئر جبير بن مطعم وهي من الآبار في الجاهلية.