اتهم الداعية المصري، يوسف القرضاوي، أتباع النظام السوري باغتيال الشيخ محمد سعيد رمضان البوطي، واصفاً إياه ب"الصَّدِيق،" رغم الانتقادات الكثيرة التي وجهها له، وشكك بالرواية الرسمية لمقتله في مسجده الذي قال إنه "يقع بمنطقة لا يدخلها إلا أتباع النظام"، ولمّح إلى إمكانية تصفيته خشية تبدل مواقفه المؤيدة لنظام الرئيس بشار الأسد وتحويله لدعم "أهل السنة". وظهر مقطع فيديو عُرض على موقع التواصل الاجتماعي، اليوتيوب، لخطبة القرضاوي في العاصمة القطرية، الدوحة، والذي يتولى منصب رئيس الاتحاد العالمي لعلماء المسلمين، إذ قال: "رأينا وسمعنا نبأ المسجد الذي دُمِّر في شمال دمشق وقتل فيه 42 شخصاً، ومن هؤلاء المقتولين كان صديقي للأسف، الشيخ سعيد رمضان البوطي"، وأشار إلى "أن البوطي خالف علماء سوريا عامة ووقف مع النظام ضد شعبه إلى آخر جمعة، عندما وقف يؤيد النظام ويدعو لمناصرته." وأضاف القرضاوي أنه تمنى لو "يهديه الله في آخر المدة، لا أستطيع أن أدعو له إلا بالمغفرة والرحمة، لكنه بقي مع النظام إلى آخر لحظة، إلى أن قُتل في مسجده، وهذا المسجد في منطقة آمنة لا يدخلها أحد إلا بعد تفتيش، ولا يدخلها إلا أتباع النظام، مَنْ قتل الشيخ البوطي؟ كل الذين يحاربون النظام تبرأوا من هذا الأمر، صحيح هم ضده وأنا ضده، لكن لا نقبل أن يقتل الناس في المساجد." وأكد القرضاوي تساؤله بكيفية مقتل البوطي قائلاً: "من قتل الشيخ البوطي؟ قالوا في أول الأمر (قذيفة) هاون، ثم قالوا انتحاري.. كنا نود ألا يدفنوا الشيخ البوطي قبل أن يعاين الطب الشرعي جثته ويقول لنا بأي شيء قتل، هل قتل بالرصاص أو بالديناميت أو بأي شيء؟ قالوا المسجد ما زال كما هو، النجفة (الثريا) موجودة، وسقف المسجد موجود والسقف سليم، كيف قتل هؤلاء؟ لا بد أن يكون الذين قتلوه من أتباع النظام.. أتباع الشعب لا يقتلون مصلياً في مسجد." وطالب القرضاوي بمحاسبة قاتلي البوطي، وأشار إلى أنه "لا بد أن يُحقق في هذا الأمر.. لا نريد أن ندع هذا لهم، إنهم يكذبون، كل كلامهم كذب، هم قبل ذلك قتلوا رئيس وزرائهم (محمود) الزعبي، وقبل ذلك وزير الداخلية غازي كنعان، وقالوا إنه انتحر".