خيبت تونس آمال جمهورها العريض عام 1994 عندما خرجت من الدور الأول خالية الوفاض وهي التي كانت مرشحة إلى جانب نيجيريا وغانا لإحراز اللقب، لكن تونس عوضت بتنظيمها الناجح للبطولة الذي أجمع عليه جميع المسؤولين الرياضيين الكبار وعلى رأسهم رئيس الاتحاد الدولي السابق جواو هافيلانج ورئيس اللجنة الأولمبية خوان انطونيو سامارانش. ونال رئيس اللجنة التنظيمية سليم شيبوب شهادة اعتراف بحسن التنظيم من الاتحاد الإفريقي. وفرضت نيجيريا بقيادة «البولدوزر» رشيدي يكيني سيطرتها على البطولة وتمكنت من إحراز لقبها الثاني بعد عام 1980 بفوزها على زامبيا 2-1 بفضل ايمانويل امونيكي، وخرجت مصر من الدور ربع النهائي ولم يتأهل المغرب في حين استبعدت جارتها الجزائر. جوهانسبورغ 96 ارتأى الاتحاد الأفريقي رفع عدد المنتخبات المشاركة في النهائيات من 12 إلى 16 منتخبا، وقد نابت جنوب إفريقيا عن كينيا في استضافة النهائيات بعد اعتذار الأخيرة لصعوبات مالية. ولم يكتب للبطولة أن تقام بمشاركة 16 منتخبا لأن المنتخب النيجيري حامل اللقب رفض التوجه إلى جوهانسبورغ زاعما بأن الأمن ليس متوفرا في العاصمة الجنوب إفريقية، فخسرت البطولة منتخبا عريقا كان بلغ الدور الثاني من كأس العالم في الولاياتالمتحدة 1994. وكان جزاء نيجيريا استبعادها من قبل الاتحاد الأفريقي لمدة أربعة أعوام فغابت عن بطولتي 96 و98 في بوركينا فاسو قبل أن تعود إلى الأسرة الإفريقية العام الماضي وتنال شرف الاستضافة مع غانا لبطولة العام 2000 بدلا عن زيمبابوي التي استبعدت لتأخر الاستعدادات لاستضافة البطولة. وقلب المنتخب الجنوب إأفريقي، مدعوما من أنصاره وعلى رأسهم رئيس البلاد في ذلك الوقت نيلسون مانديلا، التوقعات بإحرازه اللقب بتغلبه على تونس 2-0 في المباراة النهائية وهو الذي كان يشارك في النهائيات للمرة الأولى بعد عودته إلى الساحة الرياضية إثر غياب طويل بسبب سياسة التمييز العنصري التي كان ينتهجها. وبلغت الجزائر الدور ربع النهائي وخسرت أمام جنوب إفريقيا، ومصر الدور ذاته وخسرت أمام زامبيا 1-3. بوركينا فاسو 98 وأخيرا كتب للبطولة أن تقام ب 16 منتخبا، وكانت بوركينا فاسو صاحبة الاستضافة وذلك للمرة الأولى. ودخل منتخب مصر «الفراعنة» تاريخ الكأس من بابه الواسع بعدما بات ثاني منتخب يحرز اللقب أربع مرات منذ انطلاق البطولة عام 1957. ولم يكن فوز الفراعنة متوقعا خصوصا بعد خسارتهم في الدور الأول أمام المغرب أحد أبرز المرشحين للفوز بالبطولة بالنظر إلى تشكيلته المحترفة بكاملها في أوروبا. وأحرزت مصر اللقب بفوزها على جنوب إفريقيا في المباراة النهائية. وجاءت الكونغو الديموقراطية ثالثة بتغلبها على بوركينا فاسو بركلات الترجيح 4-1 بعد انتهاء الوقتين الأصلي والإضافي بالتعادل 4-4، وتوج قائد منتخب مصر حسام حسن ومهاجم جنوب أفريقيا بينيديكث ماكارثي هدافا للبطولة برصيد 7 أهداف، واختير الثاني أفضل لاعب في البطولة. وأبهر أصحاب الأرض جميع المتتبعين بعروضهم الرائعة ونديتهم الكبيرة بقيادة المدرب الفرنسي فيليب تروسييه الملقب ب «المشعوذ الأبيض» حيث بلغوا الدور نصف النهائي قبل أن يخسروا أمام مصر صفر- 2. وخسرت بوركينا فاسو أمام الكونغو الديموقراطية بركلات الترجيح 1-4 (الوقتان الأصلي والإضافي 4-4) في مباراة تحديد المركز الثالث. وخرج المغرب الذي كان أحد أبرز المرشحين لإحراز اللقب من الدور ربع النهائي لخسارته أمام جنوب أفريقيا 1-2، وتونس من الدور ذاته لسقوطها أمام بوركينا فاسو بركلات الترجيح 7-8 (الوقتان الأصلي والإضافي (1-1)، في حين خرجت الجزائر من الدور الأول لخسارتها أمام غينيا صفر- 1، وأمام بوركينا فاسو 1-2، وأمام الكاميرون 1-2 أيضا. غانا ونيجيريا 2000 بعد اختيار كوريا الجنوبية واليابان لاستضافة نهائيات كأس العالم عام 2002، وبلجيكا وهولندا لاحتضان نهائيات كأس الأمم الأوروبية 2000، انتقلت عدوى التنظيم المشترك إلى القارة السمراء بعدما وقع اختيار الاتحاد الإفريقي على نيجيريا وغانا لاستضافة نهائيات كأس الأمم الأفريقية الثانية والعشرين من 22 يناير إلى 13 فبراير 2000. ولم يكن وارد أن يلجأ الاتحاد الإفريقي إلى فكرة التنظيم المشترك وفي الدورة الثانية والعشرين بالذات، لأنه كان منح سابقا شرف احتضان العرس الأفريقي إلى زيمبابوي، بيد أنه عاد وسحب منها الاستضافة في 8 فبراير 1999 بسبب تأخر بدء الأعمال في الملاعب. واستضافت غانا 12 مباراة للمجموعتين الأولى (غانا والكاميرون وساحل العاج وتوغو) والثانية (جنوب أفريقيا والجزائر والغابون والكونغو الديموقراطية) منها المباراة الافتتاحية، واثنتين في الدور ربع النهائي، وواحدة في نصف النهائي، ومباراة المركز الثالث، فيما احتضنت نيجيريا 12 مباراة أيضا للمجموعتين الثالثة (مصر حاملة اللقب وزامبيا والسنغال وبوركينا فاسو) والرابعة (نيجيريا وتونس والمغرب وجمهورية الكونغو) واثنتين في ربع النهائي وواحدة في نصف النهائي والمباراة النهائية. وأحرزت الكاميرون اللقب بجدارة بعد عروضها الجيدة خصوصا في ربع النهائي ونصف النهائي والمباراة النهائية. وبدأت الكاميرون النهائيات بتعادل مع غانا 1-1، ثم سحقت ساحل العاج 3 -صفر، قبل أن تتعرض لخسارة مفاجئة أمام توغو صفر- 1. وتخطت الكاميرون الجزائر بصعوبة في ربع النهائي 2 - صفر، ثم لقنت تونس درسا في فنون اللعبة في نصف النهائي، قبل أن تنتزع الكأس للمرة الثالثة في تاريخها على حساب نيجيريا بفوزها عليها 4-3 بركلات الترجيح بعد انتهاء الوقت الأصلي بالتعادل 2-2. وخيبت غانا آمال جمهورها بسبب عروضها المخيبة وخروجها من ربع النهائي بخسارتها أمام جنوب أفريقيا صفر- 1. ولم تسلم نيجيريا من انتقادات عشاقها خصوصا بعد عرضها السيئ أمام السنغال في ربع النهائي عندما كانت قاب قوسين أو أدنى من توديع المسابقة حيث تقدمت السنغال 1 -صفر حتى الدقيقة الأخيرة التي أدرك فيها أصحاب الأرض التعادل 1-1 وانتزعوا الفوز في الوقت الإضافي. عربيا، تألق المنتخب التونسي في البطولة وبلغ نصف النهائي حيث خسر أمام الكاميرون صفر- 3، قبل أن يخسر أمام جنوب إفريقيا 3-4 بركلات الترجيح (الوقت الأصلي 2-2) ليحل رابعا. وتوقفت مسيرة المنتخبين المصري والجزائري في الدور ربع النهائي بخسارة الأول أمام تونس صفر- 1، والثاني أمام الكاميرون 1-2. أما المغرب فخرج من الدور الأول بحلوله ثالثا في مجموعة «الموت» خلف نيجيريا وتونس. مالي 2002 احتفظت الكاميرون بلقبها عندما أحرزت لقب النسخة ال 23 التي أقيمت في مالي عام 2002 رافعة رصيدها إلى 4 ألقاب، وباتت ثالث منتخب يحقق هذا الإنجاز بعد غانا ومصر. وفرضت الكاميرون نفسها في الدورة بتحقيقها 3 انتصارات متتالية في الدور الأول على الكونغو الديموقراطية وساحل العاج بنتيجة واحدة 1 - صفر وتوغو 3 -صفر، ثم تغلبت على مصر 1 -صفر في ربع النهائي، ومالي المضيفة 3 -صفر في نصف النهائي، قبل أن تهزم السنغال بركلات الترجيح 3-2 (الوقتان الأصلي والإضافي صفر-صفر). وهي المرة الثانية على التوالي التي تبتسم فيها ركلات الترجيح للكاميرون بعد دورة 2000 في نيجيريا وغانا عندما تغلبت على النيجيريين في عقر دارهم 4-3 بعد انتهاء الوقتين الأصلي والإضافي بالتعادل 2-2. كانت السنغال مفاجأة الدورة ببلوغها المباراة النهائية متسلحة بمعنوياتها العالية بعد حجزها بطاقة التأهل إلى المونديال للمرة الأولى في تاريخها. عربيا، تباينت نتائج ممثلي عرب إفريقيا، وكانت مصر المنتخب الوحيد الذي نجح في تخطي الدور الأول قبل أن يخسر أمام الكاميرون صفر- 1 في ربع النهائي، فيما خرج المغرب والجزائروتونس من الدور الأول. وحلت نيجيريا ثالثة بفوزها على مالي المضيفة 1 -صفر.