ثمة تحديات عدة تواجه التمرد في دارفور بعد مقتل خليل إبراهيم زعيم حركة العدل والمساواة، التي تعد أقوى حركات المتمردين بالإقليم السوداني المضطرب، وأكثرها تنظيما وتسليحا. فشخصية الدكتور خليل الذي هجر مهنة الطب ليتفرغ للسياسة حيث شغل عدة مناصب وزارية إقليمية قبل أن يقود تمردا عسكريا، تتمتع بالكثير من مزايا «الكاريزما». ومن الصعب تصور شخص بإمكانه قيادة حركة العدل والمساواة بنفس كفاءته في ظل المتغيرات على الساحة الأفريقية بعد أن فقدت الحركة سندها القوي بغياب الرئيس الليبي معمر القذافي، والدعم التشادي الذي انقطع إثر التقارب بين الخرطوم وأنجمينا. وبحسب علي فيرجي الباحث في معهد الوادي المتصدع فإن حركة العدل والمساواة معرضة لخطر التفتت مثلما حدث في حركة تحرير السودان وحركات متمردة أخرى في دارفور، لكنها على الأرجح لن تختفي تماما عن مسرح الأحداث. وما يضعف الحركة «التي يتهمها خصومها بالعنصرية» بعد مقتل خليل اعتماد قيادتها على إخوانه وأقاربه إلى حد كبير، خاصة أن بوادر التمرد على ذلك الوضع بدأت مؤخرا وتمثلت في انشقاقات حيث وصل الأمر ببعض المنشقين إلى الإعلان عن عزل خليل إلا أن صوتهم كان خافتا. والتحالف الجدي بينها وبين حركة تحرير دارفور التي يقودها عبدالواحد نور ذو التوجهات اليسارية والمعروف بزياراته المتكررة لإسرائيل مستبعد نظرا للخلفية الإسلامية لحركة العدل والمساواة، فقد كان خليل من قيادات جماعة الأخوان المسلمين قبل انشقاقه حيث اختار الانضمام للجناح الذي يقوده حسن الترابي. وكذلك حركة مني مناوي فقدت كثيرا من بريقها وانفض عنها الكثير من أتباعها بمصالحتها للحكومة، واختيار مناوي مساعدا لرئيس الجمهورية، وإن كان انشق عنها معلنا عودته للتمرد. وفي ظل استقطاب الحكومة لحركة التحرير والعدالة التي تشكل مظلة لعدة حركات دارفورية صغيرة واختيار زعيمها التيجاني السيسي رئيسا للسلطة الإقليمية في دارفور بعد اتفاق الدوحة، يتوقع أن تواجه حركات التمرد في الإقليم صعوبات عديدة قد تؤدي الى إضعاف نشاطها رغم الدعم المعنوي على الأقل الذي تجده من دولة جنوب السودان، خاصة بعد انحسار الاهتمام الدولي بقضية دارفور الذي كانت تستخدمه بعض الجماعات الغربية للضغط على الخرطوم في صراعها مع الجنوب الذي انفصل عن السودان ليشكل دولته المستقلة.