عندما أنشئت الجمعية الخيرية لتحفيظ القرآن الكريم في جدة عام 1396ه على أيدي مجموعة خيرة من محبي القرآن، لم يكن عدد المسجلين فيها إلا بعض مئات قليلة، ليصبحوا الآن ما يقرب من 50 ألف طالب وطالبة. انطلقت مسيرة الجمعية بعد اجتماع ضم عددا من أعيان جدة ووجهائها، بمبادرة من الشيخ محمد صالح باحارث وكانت فرعا لجمعية القرآن في مكة التي كان يرأسها باحارث، وفي عام 1402ه تحصل على ترخيص منفصل لتتبع مباشرة الأمانة العامة للجمعيات الخيرية لتحفيظ القرآن الكريم، وفي عام 1416ه وبعد توحيد الجمعيات في المحافظات والمراكز لتكون فروعا لجمعيات القرآن في المناطق ال 13، أصبحت فرعا عن الجمعية الخيرية لتحفيظ القرآن الكريم في منطقة مكةالمكرمة. طرحت الجمعية لنفسها رؤية ورسالة وأهدافا، فسارت برؤية أن تكون الأنموذج الأفضل بين الجمعيات من حيث المنهجية والتنظيم وطرق تحفيظ القرآن، برسالة تؤكد على ربط فئات المجتمع بالقرآن حفظا وفهما وعملا من خلال تقنية عالية وكفاءات متميزة وبرامج شاملة. ووضعت الجمعية أول بذرة لمدرسة القرآن الكريم للبنات على يد الراحلة صديقة شرف الدين عام 1397ه، لتتزايد عدد المدارس النسوية بدعم الخيرات حتى وصلت إلى ما يقرب من 150 مدرسة ومسجدا بها حلقات نسائية، وتم تخصيص إدارة نسوية متخصصة للإشراف على الحلقات والفصول القرآنية النسائية. وكما أن القسم الرجالي افتتح عدة حلقات قرآنية في السجون، فإن القسم النسائي افتتح مدرستين للسجينات، الأولى في سجن النساء (دار التوبة) عام 1408ه، والثانية في مركز الإيواء عام 1425ه، لتحفيظ النزيلات القرآن وتعليمهن وتوجيههن ليصبحن عضوات فاعلات في المجتمع. وبعيدا عن مهمة تحفيظ القرآن فإن للجمعية عدة مشاريع مرادفة للرقي بالتعليم القرآني، منها: «بطاقة الأداء المتوازن»؛ وهي آلية تساعد المنظمات على ترجمة الاستراتيجيات إلى أهداف تشغيلية، وهو نظام يقوم بربط الأهداف والمقاييس والمستويات والمبادرات، وتمنح الإدارة العليا مراقبة تنفيذ الخطة الاستراتيجية، والمشروع الثاني «جائزة الأداء المتميز»، الذي يكرم فيه المعلم والمشرف ومركز الإشراف تثمينا لجهودهم عبر مقاييس معايير لقييم جودة الأداء خلال عام دراسي كامل، أما مشروع «المقرأة الإلكترونية» فإنه يقدم دروسا في تحسين التلاوة من خلال غرف «البالوتوك»، و«الأنسبيك»، و«الماسنجر». وثمة مشروعات خيرية تساند الهيئة ماليا ومعنويا اهتمت بها الجمعية، منها: الزكاة، بر الوالدين، كن عونا، حياة الروح، إكرام حافظ، الدلالة على الخير، عضوية خيركم، والتبرعات العينية.