ينظم المؤتمر جهتان من أبرز المؤسسات العلمية في المملكة، هما الجامعة الإسلامية في المدينةالمنورة، ودارة الملك عبدالعزيز، وفيما يلي نبذة مختصرة عن كل منهما: الجامعة الإسلامية أنشئت الجامعة الإسلامية بالأمر الملكي رقم 11 وتاريخ 25/3/1381ه، وهي مؤسسة إسلامية عالمية من حيث الغاية، عربية سعودية من حيث التبعية. وأهدافها كالتالي: تبليغ رسالة الإسلام الخالدة إلى العالم عن طريق الدعوة والتعليم الجامعي والدراسات العليا. غرس الروح الإسلامية وتنميتها، وتعميق التدين العملي في حياة الفرد والمجتمع، المبني على إخلاص العبادة لله وتجريد المتابعة لرسول الله صلى الله عليه وسلم. إعداد البحوث العلمية وترجمتها ونشرها وتشجيعها في مجالات العلوم الإسلامية والعربية بخاصة، وسائر العلوم وفروع المعرفة الإنسانية التي يحتاجها المجتمع الإسلامي. تثقيف من يلتحق بها من طلاب العلم من المسلمين من شتى الأنحاء، وتكوين علماء متخصصين في العلوم الإسلامية والعربية وفقهاء في الدين متزودين من العلوم والمعارف بما يؤهلهم للدعوة إلى الإسلام، وحل ما يعرض للمسلمين من مشكلات في شؤون دينهم ودنياهم. تجميع التراث الإسلامي والعناية به. إقامة الروابط العلمية والثقافية. دارة الملك عبدالعزيز أنشئت دارة الملك عبدالعزيز بموجب المرسوم الملكي ذي الرقم (م/45) في 5/8/1392ه (1972م)، وتضمنت أهدافها خدمة تاريخ وجغرافية وآداب وتراث المملكة، والبلاد العربية والإسلامية بصفة عامة، من خلال المحاور التالية: تحقيق الكتب التي تخدم تاريخ المملكة وجغرافيتها وآدابها وآثارها الفكرية والعمرانية، وطبعها وترجمتها، وكذلك تاريخ وآثار الجزيرة العربية والبلاد العربية والإسلامية بشكل عام. إعداد بحوث ودراسات ومحاضرات وندوات عن سيرة الملك عبدالعزيز خاصة، وعن المملكة وحكامها وأعلامها قديما وحديثا بصفة عامة. المحافظة على مصادر تاريخ المملكة وجمعها. إنشاء قاعة تذكارية تضمن كل ما يصور حياة الملك عبدالعزيز الوثائقية وغيرها، وآثار الدولة السعودية منذ نشأتها. منح جائزة سنوية باسم «جائزة الملك عبدالعزيز». إصدار مجلة ثقافية تخدم أغراض الدارة.