في شتاء 2013، حطت طائرة قطرية في مطار بن غورين الدولي في عاصمة الاحتلال الإسرائيلية، ليخرج منها 60 يهودياً يمنياً، كانت الدوحة قد عملت على نقلهم بهدوء من اليمن بتنسيق مع تل أبيب، في وقت عانى يهود اليمن من تهجير قسري نفذته ميليشيات الحوثي الطائفية المدعومة من إيران في الأعوام الأخيرة في شمال البلاد. وجاءت عملية نقل اليهود اليمنيين إلى تل أبيب برعاية حكومة الاحتلال وبتنسيق قطري -بحسب صحف إسرائيلية- دون أن ينفي القطريون ذلك، كون الدوحة تمتلك شبكة علاقات كبيرة مع الحوثيين وقوى الإخوان المسلمين في اليمن، ويرى مراقبون أن الصفقة لا تخرج من إطار العلاقات القوية بين الدوحة وتل أبيب التي بدأت بعد عام من انقلاب حمد بن خليفة على والده وتسلمه زمام السلطة في الإمارة الصغيرة. ورغم الفارق الزمني بين نقل قطر لليهود اليمنيين إلى إسرائيل وفضيحة ترحيل يهود الفلاشا عبر السودان التي هزت الخرطوم، تبقى العمليتان في إطار واحد ومتشابهتين في الخطوط العريضة كما يراهما مراقبون. وكانت تقارير إسرائيلية أشارت إلى وصول مجموعة من اليهود المتبقين في اليمن إلى إسرائيل في عملية سرية، وقالت الوكالة اليهودية إنها نفذت عملية سرية معقدة لإعادة 19 يهوديا يمنيا إلى إسرائيل -بحسب موقع BBC- ويعتقد وجود أعداد يسيرة من اليهود في اليمن من بينهم أشخاص يرفضون الهجرة إلى إسرائيل، وتبقى أعدادهم غير دقيقة ومتضاربة. ولم تقف الاتصالات القطرية بالحكومة منذ افتتاح مركز إسرائيلي «تجاري» في الدوحة، وفي ظل «تكتم حكومي» زار شمعون بيريز الدوحة عام 1996 كأول مسؤول إسرائيلي يزور الدوحة. ويسرد كتاب «قطر وإسرائيل - ملف العلاقات السرية» الذي ألفه المدير السابق لمكتب المصالح بين البلدين في الدوحة بين العامين 1996 و1999 سامي ريفيل إنه من الصعوبة تأسيس العلاقات القطرية - الإسرائيلية لولا عمل حكومة الدوحة على تذليل كافة الصعوبات وتقديم تسهيلات اقتصادية كبيرة. وشهدت العلاقات الإسرائيلية - القطرية تبايناً في العقد الماضي، بيد أن التباين لا يلغي وجودها، رغم محاولات المسؤولين القطريين التملص من الاعتراف بالاتصالات القوية بين الحكومتين، في وقت تستضيف الدوحة قيادات من حماس، بيد أن «الحمساويين» لا يبدون أي تذمر من الأخبار المتوالية التي تشي بالاتصالات بين عدوهم المفترض ودولة إقامتهم. وبحسب مراقبين، فإن الدوحة دعّمت علاقاتها بإسرائيل من بوابة القاعدة الأمريكية في العديد، مستغلة التوتر الكبير بين القاهرة وتل أبيب. وعاود شيمون بيريز نائب رئيس الوزراء الإسرائيلي زيارة الدوحة مطلع 2007، وهي ثاني زيارة للمسؤول الإسرائيلي الرفيع، وأجرى مباحثات مع أمير قطر -آنذاك- حمد بن خليفة، ووصفت المتحدثة باسم بيريز شارون كارفيكي حينها الزيارة ب«أنها تتعلق بشكل أكبر بالعلاقات العامة بين إسرائيل وقطر». وقالت المتحدثة باسم نائب رئيس الوزراء الإسرائيلي إن بيريز سيعرض الموقف الإسرائيلي أمام 300 طالب في الدوحة، ونظمت مؤسسة قطر للتربية والعلوم والتنمية، التي تترأسها والدة أمير قطر الحالي موزة المسند، اللقاء بمبادرة من المؤسسة.