ألزمت جامعة الباحة طلاب الماجستير الموازي بسداد رسوم الفصل الدراسي الأول البالغة 72 ألف ريال، أو حرمانهم من دخول الاختبارات وعدم قبول تسجيلهم للفصل الدراسي الثاني، وذلك على الرغم من صدور قرار من وزارة التعليم، بإعفاء الطلاب من الرسوم لأربعة فصول دراسية. واعتبرت الجامعة وفقاً لما أوردت صحيفة "عكاظ"، أنها تريد حقها المالي لسداد رسوم البرامج ونفقات محاضرات أعضاء هيئة التدريس الذين يلقونها خارج الدوام الرسمي، فيما أكد كذلك وكيل الجامعة الدكتور علي الشهري، أن الجامعة طلبت من الوزارة دفع المستحقات المترتبة على إعفاء الطلاب من الرسوم لكنها لم تسددها حتى الآن. وقال الشهري، إن الجامعة تحملت أكثر من 50% من المستحقات، بالإضافة إلى المصروفات الإدارية وفق الشراكة مع الجامعات الأجنبية، لافتاً إلى أن الجامعة ما زالت تطالب الوزارة بسداد المستحقات المطلوبة، في الوقت الذي تطالب فيه الوزارة الجامعة بالالتزام بإعفاء الطلاب من الرسوم. وكانت الوزارة قد أعلنت صدور التوجيهات الكريمة في عام 1429ه، بتحمل الدولة تكاليف الدراسة الخاصة ببرامج التعليم في التخصصات العلمية في كليات الهندسة والعلوم الطبية وعلوم الحاسوب والصيدلة، بداية من العام الجامعي 1434/1435.