تواجه وزارة التربية والتعليم في السعودية العديد من الإشكاليات في مواجهتها مع انفلونزا الخنازير، منذ أن بدأت تدشين خطتها لمواجهة المرض في المدارس حيث شكل واقع العديد من المدارس وجغرافية بعضها الآخر صعوبات عديدة لتنفيذ أكثر بنود الخطة أهمية خصوصا فيما يتعلق بتوفير وسائل الوقاية والتعقيم وتفاوت الكميات من منطقة إلى أخرى. ولتدارك النقص الحاصل سارعت الوزارة لاعتماد مبلغ مائة مليون ريال لتأمين المزيد من وسائل السلامة والوقاية مثل الكمامات وأدوات النظافة المختلفة لتغطية كافة متطلبات قرابة خمسة ملايين طالب وطالبة في آلاف المدارس. ووفقا لمدير عام الشؤون المالية والإدارية في وزارة التربية والتعليم صالح بن عبد العزيز الحميدي، الذي تحدث لصحيفة عكاظ السعودية، فإن الوزارة "تلقت طلبات من إدارات المناطق، تطلب تعزيز الكميات المسلمة"، مشيرا إلى أنهم يدسون تعزيز المدارس بكميات إضافية بالتنسيق مع اللجنة العلمية المشكلة في الوزارة لمواجهة وباء المرض". وغالبا ما يتطلب تأمين هذه المواد بعض الإجراءات مع الموردين وبعضها الآخر يتطلب وقتا لتسليمها خاصة في المناطق الجبلية وتلك الحدودية، بالإضافة لاكتشاف كميات منتهية الصلاحية وتم تصريفها من المخازن في ظل الاحتياج العاجل ولم يتم اكتشافها إلا عند البدء في توزيعها على الطلاب مثلما حدث في العديد من المدارس في جنوب السعودية مؤخراً. ويأتي ذلك في الوقت الذي تحظى فيه وزارة التربية والتعليم بمساندة قوية من نظيرتها "الصحة" لمواجهة الوباء المخيف حيث تم إقرار اتفاقيات لتدريب منسوبي الأولى من الثانية على التعرف على المرض ووسائل اكتشافه وأفضل سبل العزل لمصابين واتخاذ الاجراءت اللازمة، وكذلك تضمنت الخطة محاور عديدة مثل تكثيف البرامج التوعوية من قبل الصحة المدرسية والجهات المساندة. يذكر أن التربية والتعليم في السعودية كانت قد واجهت العديد من الاتهامات بعدم اتخاذ الإجراءات الوقائية الفاعلة، وبمثالية كبيرة في خطتها ومنها أنها مقتبسة من أنظمة دول أخرى لا تتطابق في واقعها مع الواقع في المدارس السعودية، وكذلك أن واقع مدارس الوزارة و خصوصا المستأجرة يشكل بيئات مساعدة على انتشار المرض وتفاقمه لضيق الفصول وضعف مناسبة المباني كبيئة تعليمية وعدم توفر الاشتراطات الصحية في المستأجر منها على وجه الخصوص