انتقد الدكتور طارق السويدان موقف الداعية الإسلامي السوري محمد سعيد البوطي من الثورة السورية. وقال السويدان في حسابه على تويتر إن موقف البوطي من الثورة السورية "سيء". مشيرا إلى أنه لم يقبل موقف البوطي المعارض للثورة السورية. وأضاف السويدان "موقف البوطي سيء، ولم أقبله لحظة لكن منهجي أن خطأ أي إنسان لا يمنعني من الاستفادة من علمه فها نحن نأخذ من أينشتاين رغم كفره". تجدر الإشارة إلى أن الشيخ البوطي خطيب المسجد الأموي يعد من أكبر المناصرين للنظام الأسدي ومازال على موقفه الداعم للنظام الدموي حتى الآن رغم انشقاق الكثير من مؤيديه.