نفى المجلس الأعلى للقوات المسلحة صحة ما نشر فى وسائل الإعلام عن اتجاه المجلس للعفو عن الرئيس السابق محمد حسنى مبارك وأسرته, مؤكدا أن ما نشر فى هذا الشأن لا علاقة للمجلس الأعلى للقوات المسلحة به. ووفقا لما نشرته وكالة انباء الشرق الاوسط الاربعاء 18 مايو 2011 ،أكد المجلس الأعلى القوات المسلحة, فى رسالته رقم 54 على صفحته الرسمية على موقع "فيس بوك", أن المجلس لا يتدخل بصورة أو بأخرى فى الإجراءات القانونية الخاصة بمحاسبة رموز النظام السابق, وأن هذه الإجراءات خاضعة للقضاء المصرى العظيم, مشددا على أهمية الحذر الشديد من الأخبار والشائعات المغرضة التى تهدف إلى إحداث الانقسام والوقيعة بين الشعب ودرعه الذى لا يمكن فصلهما أبدا. ونبه المجلس إلى عدم مسئوليته عما يتم نشره فى وسائل الإعلام وينسب لأعضائه, وأن المجلس مسئول فقط عن التصريحات المباشرة والصريحة التى يتم بثها مباشرة بواسطة أعضائه على وسائل الإعلام المختلفة, أو ما يتم نشره على الصفحة الرسمية للمجلس الأعلى على موقع التواصل الاجتماعى "فيس بوك". وأهاب المجلس الأعلى بكافة وسائل الإعلام عدم الزج باسمه أو بأى من أعضائه فى تداول مثل هذه الأخبار فى هذه المرحلة الدقيقة من تاريخ البلاد.