فجرت تصريحات للأنبا بيشوي، الرجل القوي داخل الكنيسة المصرية والمرشح بقوة لخلافة البابا شنودة الثالث ، موجة واسعة من الجدل والغضب في الاوساط السياسية المصرية .واجمع المفكرون في تعليقات تناقلتها الصحافة المصرية الخميس 16 سبتمبر 2010 على أنها تتجاوز كافة الخطوط الحمراء، وتصب الزيت على النار، ومن شانها أن تزيد من حالة الاحتقان الطائفي بالبلاد، في خضم الأزمة المثارة منذ أسابيع حول اختفاء كاميليا شحاتة زوجة كاهن دير مواس، التي تحتجزها الكنيسة منذ أواخر يوليو الماضي، بعد أن تسلمتها من أجهزة الأمن إثر توجهها إلى الأزهر لتوثيق إسلامها. فقد وصف الأنبا بيشوي، اتهام الكنيسة باختطاف زوجة كاهن دير مواس بأنه "كلام فارغ"، على الرغم من اعترافه باحتجازها داخل أحد مقار الكنيسة، إلى جانب السيدة وفاء قسطنطين زوجة كاهن أبو المطامير التي أثير حولها ضجة مماثلة قبل ست سنوات، رافضًا بشدة الدعوات لإخضاع الأديرة تحت رقابة الدولة المصرية، أسوة بالمساجد، إلى حد أنه لوح ب "الاستشهاد" فى مواجهة سيناريو من هذا النوع، واصفًا الأقباط بأنهم "أصل البلد"، وأن المسلمين "ضيوف حلّوا علينا ونزلوا فى بلدنا واعتبرناهم إخواننا"، وتساءل مستنكرًا: "كمان عايزين يحكموا كنايسنا"؟. وأكد المفكرون على ان اللهجة "الطائفية" التي تحدث بها الأنبا بيشوي، تعد استمرارًا لتحدي سلطة الدولة، واستعراض الكنيسة لعضلاتها أمام الدولة والخارج، وإظهار على أنها كيان مواز "دولة داخل الدولة"، بسبب حالة الضعف التي تتعامل بها الدولة تجاه الكنيسة على مدار أكثر من أزمة خلال السنوات الماضية. وتساءل المفكر الإسلامي الدكتور محمد سليم العوا: كيف يقول إن المسلمين ضيوف على أرض مصر بينما يشكلون 96 % من سكانها ويعيشون على أرض مصر منذ 14 قرنًا، داعيًا الأنبا بيشوي إلى سحب تصريحاته حتى لا تشتعل نيران لن تنطفئ في مصر. واعتبر أن التصعيد في لهجة الخطاب المسيحي دليل على أن مصر أصبحت "دولة ضعيفة في إطار كنيسة قوية"، مستنكرا تغييب الدستور والقانون في قضية كاميليا شحاتة زوجة كاهن دير مواس، التي تحتجزها الكنيسة في مكان غير معلوم منذ أواخر يوليو الماضي، بعد أن تسلمها من أجهزة الأمن عقب توجهها إلى الأزهر لتوثيق إسلامها.