تعد مبادرة الشراكة مع المدارس واحدة من أهم المبادرات الخمس التي أقرتها موهبة ضمن خطتها لتحقيق رؤيتها الإستراتيجية حتى عام 1444ه . وتستهدف عدداً من المدارس الحكومية والأهلية ذات المواصفات المتميزة من حيث المناهج المقدمة، وطرق التدريس، وأساليب التقويم، وأساليب التعلم، وتأهيل المعلمين وتدريبهم، والتجهيزات والمباني، والبيئة الصفية والمدرسية بشكل عام، وجودة المخرجات ومنجزات الطلاب. وقد تم عقد مذكرات تعاون بين المدارس المستهدفة وموهبة، بالتعاون مع أفضل بيوت الخبرة التربوية والتعليمية الدولية لتنفيذ مبادرة الشراكة مع المدارس. وقد تزامن تطبيق هذه المبادرة فعليا مع بدء الدراسة في مدارس الشراكة في بداية العام الدراسي 1430/1431ه في الصفوف الرابع الابتدائي، والأول المتوسط، والأول الثانوي. وسوف تتكامل الصفوف الأخرى من الرابع الابتدائي وحتى الثالث الثانوي خلال السنوات الثلاث القادمة. وقد بلغ عدد طلاب موهبة الملتحقين بمقاعد الدراسة للعام الدراسي1430/1431ه والذين قدمت لهم موهبة منحا دراسية للالتحاق بمدارس الشراكة 250 طالبا وطالبة، تم توزيعهم على تسع عشرة مدرسة في الرياضوجدة والدمام والخبر. وقد زودت هذه المدارس بمناهج إثرائية متقدمة في العلوم والرياضيات واللغة الإنجليزية وتقنية الحاسب، بالإضافة إلى دعمها بتدريب عالي المستوى لكادرها الأكاديمي والإداري لتصبح شريكا فاعلا وقادرا على تحقيق أهداف المبادرة من خلال توفير بيئة تعليمية ذات جودة عالية تحتضن الموهوبين والمبدعين وتنمي مهاراتهم وقدراتهم. وسيرتفع هذا العدد من المدارس والمدن والطلبة تدريجيا خلال سير المبادرة في الأعوام القادمة بإذن الله. ويعتمد نجاح هذه المبادرة على تضافر جهود الفئات الشريكة بين موهبة، والمدرسة، والمعلم، والطالب, وولي الأمر وقدرتهم على خلق فرص لارتياد آفاق التعليم والتعلم الحديث والمتطور الذي يلبي احتياجات التعامل مع تحديات القرن الحادي والعشرين والتحول إلى مجتمع المعرفة.