بدأت عملية فرز الأصوات في السودان بعد انتهاء التصويت في الاستفتاء على مصير الجنوب، وكانت نسبة الاقبال مرتفعة حيث بلغت ثمانين بالمائة في جنوب السودان وخمسين بالمائة في الشمال. ويتوقع أن تعلن النتائج أول الشهر المقبل، لكن التوقعات تشير إلى ان التصويت سيؤدي الى انفصال الجنوب.وقد اشاد المراقبون الدوليون، بالتصويت واعتبروه ناجحا. إحدى اللجان تقوم بفرز الأصوات وقد أعلنت أولى نتائج التصويت، وهي نتيجة تصويت أبناء الجنوب المقيمين في أوروبا، حيث صوتت الغالبية الساحقة لصالح الانفصال، فقد صوت 97 في المائة من اصل 640 شخصا لصالح الدولة المستقلة. وفي جوبا عاصمة الجنوب بدأت مراكز الاقتراع بفرز الأصوات، وقال السكان إنهم يعرفون النتائج مسبقا.وفي الخرطوم سجل أحد مراكز الاقتراع نسبة 60 في المائة لصالح الوحدة. وقال مصطفى عبد الله وهو مسؤول في لجنة الاستفتاء إنه لا يستغرب أن يكون عدد الذين صوتوا لصالح الوحدة في الشمال أكبر من عدد الذين صوتوا لصالح الانفصال. ووصف رئيس مفوضية الاستفتاء محمد إبراهيم خليل عملية الاستفتاء، في مؤتمر صحفي بثه التلفزيون السوداني، بأنها "إنجاز كبير". واعلنت مفوضية الاستفتاء في وقت سابق أن نسبة المشاركة في الاقتراع تجاوزت 80 بالمائة من جملة الناخبين البالغ عددهم أربعة ملايين. يذكر أن نسبة المشاركة يجب أن تبلغ 60 في المائة أو أكثر حتى تعتمد نتائج الاستفتاء، وباعلان تجاوز المقترعين نسبة 80 في المئة يكون الطريق ممهدا أمام الاعتراف بالنتيجة التي سيفضي إليها الاقتراع. وقال خليل :إن 62 ألف شخص شاركوا في الاقتراع في شمال السودان، وهو ما نسبته 53% من المسجلين هناك. وبالنسبة للجنوبيين في الخارج، فبلغ عدد المشاركين 55 ألفا وهو ما نسبته 91% من المسجلين خارج البلاد. واعتبر خليل أن "هذه النتائج ممتازة بالمعايير الدولية" مضيفا "عايشت الكثير من الانتخابات في هذا البلد واستطيع أن أقول إن هذا الاقتراع كان الأكثر سلما والأكثر تنظيما والأكثر هدوءا". وردا على سؤال حول النتيجة التي يتوقعها من هذا الاستفتاء، قال في تلميح ان نتيجة الاستفتاء ستكون لصالح الانفصال "لو كنت سياسيا لعملت بشكل أفضل من أجل الوحدة ,وبحسب ما أعلنت مفوضية الاستفتاء فإن العدد الإجمالي للمسجلين الذين يحق لهم التصويت من أبناء جنوب السودان، يبلغ ثلاثة ملايين و930 ألفا و916 ناخباً، منهم ثلاثة ملايين و753 الفا و815 سجلوا في ولايات الجنوب، وأقل من 120 ألفا في الشمال، ونحو 60 ألفا في ثمانية من "دول المهجر."