حصل مستشفى الملك فيصل التخصصي ومركز الأبحاث على المركز الأول على مستوى الشرق الأوسط، و39 على مستوى العالم، من أصل 16 ألف مستشفى حسب ترتيب مختبرات Cybermetrics، ومجموعة الأبحاث (CSIC) الاسبانية لمستشفيات العالم. ويعد التخصصي بذلك أول مستشفى في المملكة والخليج العربي، ومن ضمن القائمة التي احتوت أيضا على برامج، مستشفى قوى الامن والمركز السعودي لزراعة الأعضاء، ومستشفى الملك فهد التخصصي بالدمام. يذكر ان أنشطة الأبحاث بالمستشفى تتركز في الأمراض الرئيسية: (أمراض القلب والأوعية، الأمراض المعدية، السرطان)، وكذلك بعض الأبحاث الطبية الأساسية،مثل: (الطب الجزيئي، موت الخلايا المبرمج، المناعة، علم الأحياء الدقيقة الجزيئي). ويتكوَّن القسم من اثنتي عشرة شعبة للأبحاث، ومرفقين رئيسين لقياس التدفق الخلوي والتنظير المجهري متحد البؤرات، ويقوم علماء الأبحاث في القسم بكتابة الملخصات العلمية أو المشاركة في تأليفها، إضافةً إلى مقالات الأبحاث المنشورة في مجلات محلية وعالمية وكتب أو فصول في كتب، وتأكيدا ًعلى التعاون المشترك في إجراء أبحاث مع جامعات محلية وعالمية معترف بها، فقد تم ترشيح عدد من علماء المركز للإشراف على طلبة الدراسات العليا، كما أن القسم مجهَّز بأحدث الأجهزة الفنية والمصادر المعلوماتية الحيوية والمكمِّلة لبعضها؛ من أجل تشجيع ترجمة معلومات الأبحاث الطبية الأساسية إلى رعاية أكثر كفاءة للمرضى.