تسير الدراسة في المرحلة الجامعية على نظام المستويات وهو نظام دراسي يقسم فيه العام الدراسي إلى فصلين رئيسيين ويجوز أن يكون هناك فصل دراسي صيفي على أن تحتسب مدته بنصف مدة الفصل الرئيس وتوزع متطلبات التخرج لنيل الدرجة العلمية إلى مستويات وفقاًَ للخطة الدراسية . تكون مدة المستوى الدراسي فصلاً دراسياً . تتكون الدراسة في المرحلة الجامعية من ثمانية مستويات على الاقل ماعدا كلية الطب والعلوم الطبية ، وكلية الهندسة والعمارة الاسلامية . اعتبارا من العام الدراسي 1419ه, يعد الإعداد التربوي دبلوما مستقلا يقدم في سنة خامسة بعد البكالوريوس حيث تم فصل برامج الكليات التخصصية عن برنامج الاعداد التربوي. التحويل إلى الجامعة من جامعة أخرى أن يكون الطالب في كلية أو جامعة معترف بها. الا يكون الطالب مفصولاً من الجامعة المحول منها لأسباب تأديبية. أن تنطبق عليه شروط التحويل التي يحددها مجلس الجامعة. يدرس الطالب المحول مالا يقل عن 60% من المقررات في جامعة أم القرى. تطبق على الطالب المحول شروط التحويل للكلية التي يرغب التحويل إليها تشترط موافقة رئيس القسم وعميد الكلية المحول إليها. يتقدم الطالب بطلب التحويل إلى عمادة القبول والتسجيل ويحال الطلب مع صورة من كامل ملف الطالب إلى عمادة الكلية المختصة . تشترط موافقة رئيس القسم وعميد الكلية المحول إليها. معادلة المقررات التي درسها خارج الجامعة يقوم مجلس الكلية بمعادلة المقررات التي درسها الطالب خارج الجامعة بناء على توصية الأقسام التي تقدم هذه المقررات وثبت في السجل الأكاديمي للطالب المقررات التي عودلت له ولا تدخل في احتساب معدله التراكمي ويتم ذلك كما يلي : يقدم الطالب إلى عمادة القبول والتسجيل طلباً لمعادلة المقررات التي درسها خارج الجامعة مرفقاً بأصل السجل التعليمي ووصف تفصيلي لمفردات المقررات التي درسها . يعيد القسم نتيجة المعادلة إلى عمادة القبول والتسجيل بعد إقرارها من مجلس الكلية . يحاول الطلب إلى القسم الذي ينتمي إليه الطالب لتولى معادلة مقرراته واستكمال معادله المقررات الأخرى من أقسامها. ثبت في السجل التعليمي للطالب المقررات التي عودلت له ولا تدخل في حساب معدله التراكمي . لا تعادل المقررات التي حصل فيها الطالب على تقدير أقل من جيد. تنبية هام : إذا اتضح بعد تحويل الطالب أنه سبق فصله لأسباب تأديبية فيعتبر قيده ملغيا من تاريخ قبول تحويله للجامعة.