نشأت محاكم التفتيش في اوروبا اول ما نشأت على يد البابا انسونت الثالث رئيس الكنيسة الكاثوليكية في القرن الثاني عشر الميلادي. وقد قامت هذه المحاكم باضطهاد المسيحيين الذين يشتبه في خروجهم على تعاليم الكنيسة. واذا كان اليهود قد نعموا بالامان والازدهار في ظل الدولة الاسلامية الا انهم لاقوا التضييق عليهم من جانب محاكم التفتيش في اوروبا. وقد عمت محاكم التفتيش اوروبا الا انها في اسبانيا تمثل حالة خاصة حيث انه اضافة إلى المسيحيين واليهود كان يوجد المسلمون الذين فتحوا اسبانيا وظلوا فيها لمدة ثمانية قرون حتى سقط الحكم الاسلامي فيها عام 1492 ميلادية. وحول (محاكم التفتيش في اسبانيا) صدر تحت هذا العنوان كتاب للدكتور رمسيس عوض عن مركز الدراسات والمعلومات القانونية لحقوق الانسان بالقاهرة. تعرض اليهود للاضطهاد الشديد في اسبانيا من قبل المسيحيين، ففي عام 1319 ميلادية وقعت احداث شغب راح ضحيتها مئات اليهود، واضطر اخرون إلى اعتناق الدين المسيحي، ومورست عمليات من التضييق على اليهود من خلال قوانين تعزل اليهود عن المسيحيين، وخلال قرن من اندلاع اعمال الشغب تناقص عدد اليهود، ففي مملكة اراجون مثلاً وصل عددهم إلى الربع. ومع انشاء محاكم التفتيش كان اليهود يقومون بالوشاية ضد بني جلدتهم اليهود المتحولين إلى المسيحية، حيث كانوا يتهمونهم بالتظاهر بالمسيحية، وقد تعرضت الاقلية اليهودية للطرد والملاحقة من جانب محاكم التفتيش، وكان ان (اصدرت محكمة التفتيش الامر بحرمان اليهود المتهمين بالردة من تقلد اية وظائف عامة والباسهم اخشن الملابس وامرهم بالسير في المواكب ستة ايام جمع متتالية وان يقوموا بجلد انفسهم كفارة عن ذنوبهم، فاذا تخلف احدهم عن فعل هذا اعتبر مهرطقاً منتكساً يستحق الحرق، ثم اصدرت المحكمة حكمها الثالث ضد سبعمائة وخمسين تائباً، وقبل مضي عام واحد بلغ عدد الذين استعملت المحكمة نوعاً من الرأفة معهم خمسة آلاف شخص. وتم احراق عدد كبير من الناس، واحياناً كان يتم احراق خمسين شخصاً في اليوم الواحد بينهم رجال دين ورهبان اشتهروا بالقداسة وطهارة الذيل). يشير المؤلف إلى انه في ظل الحكم الاسلامي لاسبانيا تعايشت الاديان الثلاثة: الاسلام والمسيحية واليهودية، وبسقوط الاندلس في يد المسيحيين تم وضع حد لهذا التعايش، وقد تم تخيير المسلمين بين العماد والدخول في المسيحية او الطرد، وقد حدد الملك فرديناند والملكة ايزابيلا السياسة التي يتم اتباعها مع المسلمين في مملكتي كستيلون واراجون، وذلك عندما قال الملك فرديناند لمستشاريه: (اذا تعثر حصانك فانت لا تستل سيفك لتقتله، بل تنخزه على جانبيه، ولهذا فاني ارى - وهو نفس رأي الملكة - ضرورة عماد هؤلاء المسلمين، وحتى اذا لم يصبحوا مسلمين فان اولادهم واحفادهم سوف يصبحون مسيحيين). سمي المسلمون المتحولون إلى المسيحية (الموريسكيون)، لكنهم فضلوا ان يعيشوا في جاليات منعزلة مستقلين بثقافتهم، وفي ديسمبر من عام 1526 اصدرت محكمة التفتيش تعليمات بمنع الموريسكيين في غرناطة من استخدام اللغة العربية والاسماء والملابس الاسلامية، لكنهم قدموا مبلغاً للملك شارل نظير ارجاء هذه التعليمات، ورغم هذا كانت هناك مضايقات لهم، فقد كان يتم مصادرة ممتلكاتهم وفي عام 1517 اصدرت محكمة التفتيش مرسوماً، بحيث يدفع الموريسكيون مبلغاً سنوياً مقداره 2500 دوقة نظير الامتناع عن مصادرة املاك الموريسكيين المقدمين إلى المحاكمة بتهمة الهرطقة، وقد اظهر المسلمون الايمان بالمسيحية او التحول اليها، لكنهم ظلوا على اسلامهم (ورغم ان الموريسكيين احتفظوا بعاداتهم الاجتماعية وجاهدوا من اجل الاحتفاظ بدينهم فانهم ادركوا بالتدريج انه يتحتم عليهم الوصول إلى حل وسط، وعندما ارغموا على الايمان بالمسيحية لجأوا إلى استشارة زعمائهم، وفي نحو عام 1504 اصدر المفتي في شمال افريقيا فتوى حول المسلمين الذين يعيشون في اسبانيا ويتعرضون للاضطهاد من الاسبان، وجاء في فتواه انه يمكن للمسلمين المضطهدين اتباع التقية، أي التظاهر بالايمان بالمسيحية دون التخلي عن الدين الاسلامي. وقد انتشرت ممارسة التقية بين الموريسكيين في عقد الستينيات من القرن السادس عشر). ويؤكد المؤلف ان المسلمين ظلوا على اسلامهم، حيث يذكر (ان الكثيرين منهم اعتنقوا الدين المسيحي عن غير اقتناع ومن الناحية الشكلية البحتة، ومن ثم ظلوا يمارسون طقوسهم الاسلامية الخاصة بهم في امور الصيام والدفن والوضوء).