اعتمدت ادارة الصحة المدرسية بوزارة المعارف عددا من البرامج مع بداية العام الدراسى الجديد لتواكب تطور النهضة الصحية الشاملة وتوسع الخدمات العلاجية وبروز الحاجة للبرامج والانشطة الوقائية. وتتضمن هذه البرامج برنامج (غذاؤك حياتك) وهو موجه لطلاب المرحلة الابتدائية الذى يعتمد على تدريب المدربين من الصحة المدرسية والاشراف التربوى والنشاط الطلابى وتدريب المعلمين (معلم واحد على الاقل من كل مدرسة) ودورات تدريبية على تطبيق البرنامج على مدى 6 اسابيع خلال حصص النشاط فى فصل دراسى واحد كما تتضمن البرامج برنامج المدارس المعززة للصحة وهو برنامج وطنى يضع معايير المدرسة المعززة للصحة ويدعو لتطبيقها من خلال عدة مراحل هى التعريف بالمدرسة المعززة للصحة والدعوة لتطبيق المفهوم وتقويم المدارس المطبقة. بالاضافة الى برنامج رسوم الطلاب الصحية وهو برنامج يوظف الرسم فى فهم الطلاب للرسائل الصحية ويشاركهم فى ايصالها للاخرين كما يشرك الاسرة التربوية فى التوعية الصحية ويحدد موضوعاته حسب الاولويات الصحية لكل منطقة و ينطلق من المدرسة كمركز للوقاية وتعزيز صحة المجتمع. ويسهم البرنامج فى تنويع وسائل التوعية الصحية وينمي الذوق الفنى عند الطلاب والتعبير عن معارفهم الصحية. ومن اهم اليات العمل للبرنامج تحديد الاولويات الصحية وتوفير مادة علمية مبسطة عن كل موضوع للمدارس وتحديد شروط المنافسة واعلانها بالتعاون مع النشاط الطلابى وتحديد الرسوم المميزة وتنظيم المعرض. كما تشتمل البرامج على برنامج الحليب المدرسى الذى يهدف الى رفع الوعى باهمية الحليب فى السن المدرسى وبرنامج منتدى المعارف الصحية وبرنامج المشرف الصحى الذى يهدف الى النهوض بالمستوى الصحى للطلاب وتحسين البيئة المدرسية.