يعاني الخريجون السعوديون والذين يستكملون برنامج الماجستير المقدم من الجامعة الماليزية المفتوحة والمستضاف بواسطة الجامعة العربية المفتوحة فرع البحرين في عدم معادلة شهاداتهم، وأكدوا ذلك في مناشدة خاصة عبر بريد “الوئام” لمعالي وزير التعليم العالي الدكتور خالد محمد العنقري. وأشار الخريجون أنهم لم يتقدموا لنيل الماجستير من هذه الجامعة إلا بعد أن تأكد لهم مدى ثقة وزارة التعليم العالي بها، وذلك ما عكسه لهم ما قامت به بعض مؤسسات التعليم العالي السعودي من تعامل مع هذه الجامعة، حيث استضافت جامعة الملك سعود يوم الاثنين الموافق 23/3/1429 ه، مراسم توقيع مذكرة التفاهم بين الجامعة ونظيرتها الجامعة الماليزية المفتوحة، ومثّل جامعة الملك سعود مدير الجامعة الدكتور عبدالله بن عبدالرحمن العثمان بينما مثّل الجامعة الماليزية المفتوحة رئيس الجامعة البروفيسور أنور علي وتضمنت المذكرة الاستفادة من خبرات الجامعة الماليزية المفتوحة في تطبيقات التعليم الإلكتروني وتطوير المقررات. ويتطلع الخريجون أن يحققوا حلمهم في معادلة شهاداتهم لكي يتاح لهم الاستفادة منها في مواصلة تعليمهم، أو في تحسين مستواهم الوظيفي وذلك بتوجيه معالي وزير التعليم العالي بالاعتراف بالشهاداة الصادرة من الجامعة الماليزية المفتوحة فرع البحرين لعدة مبررات أهمها: أن الجامعة الماليزية المفتوحة هي جامعة عريقة في مجال التعليم عن بعد، ويؤكد صحة ذلك إرسال وفود من عدد من الجامعات السعودية إليها، للاستفادة من تجربتهم الرائدة في برامج التعليم المفتوح والتعليم عن بعد.. كما أنها جامعة معترف بها من قبل وزارة التعليم العالي الماليزية، كما أن جميع برامج الدراسات العليا التي تقدمها الجامعة مصدقة ومعترف بها من قبل المجلس الوطني للإعتماد الأكاديمي(LAN)،وهو ما تشترطه وزارة التعليم العالي السعودي للإعتراف بأي جامعة ماليزية أهلية. وأكدوا أن هذه الجامعة مسجلة في اليونسكو، كما أنها مسجلة ضمن قائمة التصنيفات العالمية للجامعات، وآخرها إحدى التصنيفات العالمية لعام 2010، كما أنها معترف بها من وزارة التعليم العالي البحريني، وهناك اتفاقية بين وزارات التعليم العالي لدول مجلس التعاون الخليجي، والتي تشير إلى أن اعتراف أي وزارة من وزارة التعليم العالي في هذه الدول بجامعة معينة، يوجب اعتراف وزارات التعليم العالي في بقية تلك الدول بهذه الجامعة، وتعترف وزارة التعليم العالي السعودي بجامعة ماليزية أقل في التصنيف من الجامعة الماليزية المفتوحة في إحدى التصنيفات الدولية وهي MONASH University. أما فيما يخص أن البرنامج لم يقام في مقر الجامعة الماليزية المفتوحة الأم، بل استضيف من قبل الجامعة العربية المفتوحة بالبحرين، فهناك جامعة الأمير محمد بن فهد تقدم برنامج ماجستير معترف به من التعليم العالي السعودي وهو بالتعاون مع Maastricht school of Management بهولندا، وهذه الكلية أيضاً تأتي متأخرة عن الجامعة الماليزية المفتوحة.