يخفي علماء الآثار في الجيش الإسرائيلي كثيرا من المكتشفات الأثرية، حيث يعتبرون ذلك من أسرار الدولة، وهو ما أثار حفيظة بعض علماء الآثار. وأورد موقع (www.npr.org) الأميركي، أن بعض الآثار في الضفة الغربيةالفلسطينية لم يتم الكشف عنها علنا من قبل الجيش الإسرائيلي، وذلك وفقا لعالم الآثار الإسرائيلي "رافي غرينبرغ". وقال غرينبرغ: "لا يقومون بنشر قائمة التنقيب أو قائمة المنقبين أو قائمة الاكتشافات أو موقع مخازنهم. فكلها تعتبر من أسرار الدولة".
تنقيب متواصل يملك الجيش الإسرائيلي وحدة لعلم الآثار وهي مسؤولة عن التنقيب عن الآثار في معظم الضفة الغربية، وهي الأرض التي استولت عليها إسرائيل في 1967 والتي يسعى الفلسطينيون إلى إقامة دولة مستقلة عليها. ووفقا لاتفاقية بين الفلسطينيين والإسرائيليين فإن وضع الضفة الغربية -والآثار الموجودة فيها- ستخضع للنقاشات في محادثات السلام النهائية، وحتى ذلك الحين وعلماء الآثار التابعون للجيش مستمرون في التنقيب والبحث في الضفة الغربية.
رفض دولي اتهمت إسرائيل في كثير من التجمعات الدولية بأنها تستخدم علم الآثار كي تقوي سيطرتها بالضفة الغربية، ورفعت مجموعة من علماء الآثار دعوى قضائية على إسرائيل للكشف عن هوية الأكاديميات الإسرائيلية التي منحت تراخيص التنقيب في الضفة الغربية، لكنّ قاضيا إسرائيليا حكم في نوفمبر الماضي بأن هوية علماء الآثار هؤلاء ستبقى سرية، وذلك بهدف حمايتهم من تعرضهم للمقاطعة من زملائهم من جميع أنحاء العالم الذين يرفضون التعاون مع جيش الاحتلال الإسرائيلي للضفة الغربية. وحكمت المحكمة الإسرائيلية بعدم الكشف عن أية قطع أثرية، وذلك تبعا لمخاوف الحكومة الإسرائيلية من أن أي معلومات منشورة قد تلحق الضرر بعلاقات إسرائيل الخارجية. ويقول علماء الآثار التابعون للجيش الإسرائيلي إن "عملهم ضروري من أجل حماية الاكتشافات التاريخية المهمة من الضياع في سوق نامٍ مليء بلصوص الآثار الفلسطينية"، حسب تعبيرهم. ويخفي هؤلاء العلماء القطع الأثرية التي اكتشفوها في مخازن معينة، وعادة ما يقومون بإعارتها للمتاحف ومعاهد الأبحاث من أجل عرضها. ضعف الخبرات تقوم السلطة الفلسطينية بإجراء عمليات التنقيب والبحث الخاصة بها في مناطق من الضفة الغربية التي يحكمونها، ويتعاونون مع زملاء عالميين ولكنهم لا يقومون بعمليات تنقيب بالتعاون مع الجيش الإسرائيلي. والفلسطينيون الذين يعملون لصالح علماء الآثار في الجيش الإسرائيلي هم عمال لا ينتمون إلى الحكومة الفلسطينية. ويبرر علماء الآثار الإسرائيليون عملهم هذا بالقول "إنهم يقدمون خدمة مهمة في الضفة الغربية لأن عمليات التنقيب لا يمكن أن تجرى بنفس الطريقة المهنية الاحترافية من قبل علماء الآثار الفلسطينيين، والذين هم كما قالوا ليسوا بنفس الكفاءة. وهو ما جعل المسؤول السابق عن الآثار في السلطة الفلسطينية، حمدان طه يعترض على هذا المبرر، لكنه يعترف ببعض المشكلات قائلا: قام بعض المقاولين الفلسطينيين بهدم بعض المباني التاريخية وذلك لفتح المجال للمباني الجديدة في الضفة الغربية، وهذا بسبب قانون فلسطيني قديم لا يحمي المواقع الأثرية الثقافية. وأضاف "من المؤكد أن دراسات الآثار الفلسطينية في المعاهد والأكاديميات في الضفة الغربية لا تزال مبتدئة ونامية، ومع ذلك حتى خلال أيام الحرب والعنف فإن الفلسطينيين لم يسمحوا للمواقع الأثرية في فلسطين بأن تلقى نفس مصير المواقع في سورية والعراق التي دمرت بفعل داعش". ولم تقم السلطة الفلسطينية باستبدال طه بعد منذ أن تقاعد من منصبه في 2014.