على الرغم من المزايا في المرتبات الشهرية والحوافز التي تمنحها الهيئة العامة للغذاء والدواء لمنسوبيها إلا أن ذلك لم يحد من تسرب الكفاءات للقطاع الخاص. وبحسب مصادر في الهيئة فإن هناك نقصا حادا في أعداد الأخصائيين والفنيين العاملين لدى الهيئة، وخصوصا الصيادلة السعوديين والمختصين في مجال الغذاء والدواء. وبينت المصادر أن هناك إغراءات تقدم لهم من جهات أخرى، مما أدى إلى تسرب عدد من الكفاءات المثمرة والمختصين في الهيئة، بنسبة بلغت 40%. ولم تتوقف معاناة الهيئة مع تسرب الكفاءات منها بل زاد أنها لم تستطع استقطاب الكفاءات والكوادر المؤهلة والمحافظة عليها بسبب ندرة التخصصات المطلوبة للعمل في الهيئة والتكلفة العالية لتأهيلها، مما يؤدي إلى شدة التنافس عليها في قطاعات العمل العامة والخاصة. وبينت المصادر أن تسرب الكفاءات، يشكل أبرز المعوقات التي تواجه الهيئة، وذلك بسبب عدم تطبيق التشغيل الذاتي الذي ساهم في تسرب الكفاءات للشركات الخاصة، كما تشتكي الهيئة من تأخر استلام المقر الرئيس لها، كون الهيئة تبني عليه آمالا كبيرة خصوصا فيما يتعلق بالمختبرات المرجعية التي تعالج الكثير من القضايا. وطالبت الهيئة - بحسب المصادر- بتوجيه الجامعات السعودية بزيادة عدد المقبولين في كليات الصيدلة لسد النقص الحاصل في سوق العمل، لافتة إلى أن نقص الوظائف تسبب في بطء الأداء وزيادة الضغط في بعض الإدارات التابعة للهيئة العامة للغذاء والدواء. وكانت لجنة الشؤون الصحية والبيئة في مجلس الشورى قد خرجت بتوصية سيتم عرضها تحت قبة المجلس من أجل التصويت عليها بالموافقة من عدمها تنص "على دعم الهيئة العامة للغذاء والدواء في اعتماد سلم وظيفي مرن يمكنها من استقطاب الكفاءات المؤهلة والمحافظة عليها". وجاءت توصية اللجنة الشورية بعد دراسة المعوقات التي رصدتها في الهيئة، حيث طالبت اللجنة باعتماد برنامج تشغيلي للهيئة أسوة بالمستشفيات التخصصية لتشجيع الكفاءات المتميزة واستمرار عملها في الهيئة. وبلغة الأرقام فإن إجمالي عدد الموظفين في الهيئة العامة للغذاء والدواء بلغ 974 موظفا، موزعين على قطاعات الهيئة؛ حيث بلغ عدد الموظفين في قطاع الغذاء 351 موظفا بين إداري وفني، و245 في قطاع الدواء وفي مجال الخدمات المشتركة 151 موظفا، وفي قطاع التخطيط وتقنية المعلومات 84 موظفا.