أقباط السودان يعيشون تجربة مختلفة في تفاصيلها لم تسفر حتى اليوم عن اعتداء على كنيسة أو استهداف لأحد أبناء الطائفة فحسب القمص فرج بأن السبب يعود إلى مساحات الود والوئام الممتدة بين المسيحية والإسلام في السودان. لكن القارئ للتاريخ القديم والحديث سرعان ما يكتشف بأن هذه المساحات ضاقت أكثر من مرة، أولها في القرن التاسع عشر عندما بسطت الدولة المهدية نفوذها في ربوع السودان كدولة إسلامية وطالبت المسحيين، ابتداء من الأقباط في داخلها وانتهاء بالملكة فيكتوريا ملكة بريطانيا، باعتناق الإسلام. الملكة فيكتوريا لم تكترث للدعوة التي بعثها لها الخليفة عبد الله التعايشي، ربما لأنها لم تكن تحت إمرة الدولة المهدية، لكن أقباط البلاد في ذلك الحين لم يكن لديهم حل سوى الإذعان لرغبة حاكمهم أو الهجرة أو الموت. اضطر الكثير منهم لاعتناق الإسلام صيانة لحياتهم ومصالحهم وتزوج بعضهم من مسلمي المهدية حتى مالت بشرة هؤلاء إلى السمرة وقربت ملامحهم من السحنة الإفريقية. كان مركزهم الرئيسي في مدينة أمدرمان وأُطلق على الحي الذي تمركزوا فيه بحثاً عن الاحتماء بعضهم ببعض ب"المسالمة". غير أن دخول الاحتلال الثنائي الإنجليزي المصري للبلاد في نهاية القرن التاسع عشر جعلهم يتنفسون الصعداء ويعودوا إلى ديانتهم الأصلية التي حُرموا منها لسنين عدة. وفي حينها أصبحوا هم من الصفوة المقربة للحاكم في الدوائر الرسمية تاركين بصمتهم في الصيرفة والإدارة والتعليم. أما ضيق المساحات الآخر الذي تعرضوا له فكان مع تولي ثورة الإنقاذ للسلطة بالسودان عام 1989 حيث يعتبر الباحث في شؤون الأقباط الدكتور نصري مرقص أنها أقسى الفترات التي مرت على الأقباط في التاريخ الحديث حيث فقدت الطائفة عشرات الآلاف من أبنائها الذين آثروا بيع أملاكهم والرحيل بصمت ليحل بهم الرحال في أنحاء أوروبا الغربية وأمريكا وأستراليا وكندا. غير أن الأقباط "المسالمين" كما وصفهم كاهنهم لم يتخذوا من السلاح وسيلة لهم في المطالبة بحريتهم كما فعل الجنوبيون الذين يدلون بأصواتهم الآن لتفرير مصيرهم. لعل هذا ما جعل تعداد الأقباط بداخل السودان يتقلص ليقل بشكل ملحوظ عن تلك التجمعات الموجودة خارج الحدود.