أثار قرار الرئيس المصري- محمد مرسي، الإفراج عن عدد من الأصوليين المنتمين للجماعة الإسلامية وتنظيم الجهاد، بعضهم كان محكوما عليه بالإعدام أو السجن المؤبد خلال حكم الرئيس السابق محمد حسني مبارك، جدلا كبيرا في مصر، خاصة مع وجود كثير ٍ من الثوار المسجونين بأحكام ٍ عسكرية في سجون مصر. وقال مصدر أمني إن القرار شمل مئات السجناء الذين أدينوا أمام محاكم عسكرية أو محاكم أمن الدولة العليا طوارئ، مبينا أن بعضهم أمضى نحو عشرين عاما في السجن. وشهدت تسعينيات القرن الماضي موجة عنف دامية على يد إسلاميين متشددين تجاه الدولة والسائحين خاصة في صعيد مصر، ودخل الإسلاميون، ومعظمهم ينتمون للجماعة الإسلامية وتنظيم الجهاد، في مواجهات دموية مع السلطات المصرية أسفرت عن مقتل المئات من الجانبين بالإضافة إلى مواطنين أبرياء. وقام الآلاف من أعضاء الجماعات الإسلامية بمراجعات فكرية لنبذ العنف أثناء وجودهم في السجون المصرية، كما أصبحت الجماعة الإسلامية ممثلة في الحياة السياسية عبر ذراعها السياسي حزب البناء والتنمية الممثل برلمانيا. من جانبه، قال المتحدث الرسمي باسم الجماعة الإسلامية، الدكتور محمد حسان، إن قرار الرئيس مرسي ليس قرارا بالعفو الشامل ولكنه قرار عفو بتنزيل مدد المحكومين، من المؤبد ل15 عاما ومن الإعدام للمؤبد. وأضاف حسان «كل المحكوم عليهم من الإسلاميين حاليا في السجون يبلغ عددهم 41 سواء من الجماعة الإسلامية أو تنظيم الجهاد، منهم 18 عضوا من الجماعة الإسلامية خرج منهم 13». وأتاح قانون الطوارئ، الذي طبق خلال عهد مبارك، اعتقال آلاف الإسلاميين الذين أحيل معظمهم إلى المحاكمة أمام محاكم عسكرية أو محاكم أمن الدولة العليا طوارئ. وأضاف حسان «رجالنا تم معاقبتهم بناءً على تقارير أمنية مزورة ولم تتم محاكمتهم أمام قاضيهم الطبيعي بل أمام محاكم عسكرية أو محاكم أمن الدولة طوارئ، وتعرضوا للتعذيب البشع داخل المعتقلات»، متابعا «كان من المفترض أساسا الإفراج عنهم طبيعيا قبل عام ونصف العام لكن ذلك لم يحدث»، وتابع حسان «السؤال ليس لماذا أفرج عنهم الرئيس وإنما لماذا تأخر الإفراج عنهم؟». وأفرد نشطاء لائحة بأسماء القيادات الأصولية المفرج عنها، حيث إن معظمهم متهمون في قضايا قتل ضباط في الصعيد، والاعتداء على بعض حافلات السياح، والتورط في محاولة اغتيال مبارك، محذرين من موجة عنف جديدة قد تضرب البلاد بعد خروج تلك القيادات من السجن. لكن حسان قال «اطمئن المواطنين أن كل من خرجوا نبذوا العنف وتعدوا سن التطرف وهم ضمن أربعين ألف فرد في الجماعة الإسلامية خرجوا ولم تحدث أي حوادث عنف منهم بالرغم من الانفلات الأمني، مضيفا «الجماعة نبذت العنف منذ زمن». بدوره، اعتبر نائب رئيس مركز الأندلس لدراسات التسامح ومناهضة العنف بالقاهرة، محسن كمال، أن قرار مرسي غير سليم سواء في الوقت الحالي أو في أي وقت آخر، وتابع «ليس كل من حُبِسَ في عهد النظام القديم بمظلوم، هناك من يستحق أن يظل محبوسا وهناك من تم تلفيق تهم له، كان من الأفضل مراجعة ملفات قضاياهم أو إعادة محاكمتهم أمام قاضيهم الطبيعي». وأوضح كمال أن خلفية قضايا المفرج عنهم ليست سياسية ولكن تتعلق بتنظيمات سرية مسلحة وبالتالي خروج بعضهم يشكل خطرا على المجتمع، لافتا «فكرة العفو توحي أنهم لم يرتكبوا أي إثم أو جرم كما توحي أن النظام الجديد يرى أن ما ارتكبوه لم يكن كذلك».