نشأ هذا المصطلح في القرن الأول قبل الميلاد. واستخدم للتدليل على كل ما هو موجود غير محسوس، لا تدركه الحواس، ولا يدركه العقل إلا في حالات من التجريد والتأمل العميق، أو ما يسمى في الإسلام بعالم الغيب. كان سبب ظهور هذا المصطلح الكلام في فكر أرسطو، في تلك المرحلة، في جانبه الغيبي، وفي فلسفته الأولى. وقد يضيق هذا اللفظ ويستخدم مرادفاً للأنطولوجيا، التي تبحث عن معنى الوجود في أكثر صوره تجريداً، خصوصاً في القرون المتأخرة. غير أن معناه العام، هو الأكثر استخداماً، بحيث تدخل فيه الأنطولوجيا، وتدخل فيه الكسمولوجيا، التي تعنى بالبحث عن إثبات وجود الله كعلة أولى غير مسبوقة بعلة. وتأثرت الميتافيزيقا فيما بعد باللاهوت، المذهب الذي يبحث في وجود الله، وماهيته، وعلاقته بالعالم. وأول من استخدم الميتافيزيقا بمعناه اللاجدلي، هو المفكر والفيلسوف الألماني هيغل، وجاء ماركس وإنجلز وانتقدا الميتافيزيقا من منطلق مذهبهما المادي، وأقاما مكانه المنهج الجدلي المادي.