رغم النجاحات القياسية وغير المسبوقة, لازالت الصناعات الغذائية والزراعية بدول مجلس التعاون لدول الخليج العربي تواجه بعض المصاعب والتي بالإمكان التغلب عليها ومنها قلة الأيدي الوطنية العاملة والمدربة والتي لها دور فعال بالنهوض بهذه الصناعة، وقلة المواد الخام الأولية من الإنتاج الزراعي المحلي وعدم استمرارها على مدار السنة، وعدم توفر الإمكانات الفنية والإدارية للصناعات الغذائية، وعدم إقدام بعض أصحاب رؤوس الأموال والشركات على الاستثمار في مجال الصناعات الغذائية، ومحدودية جمعيات متخصصة تهتم بشئون المزارعين وتتولى مشاكلهم مما يحثهم على زيادة إنتاجهم من المواد الأولية اللازمة للصناعات الزراعية والغذائية، وعدم وجود شركات متخصصة لتسويق المنتجات الزراعية بين الدول الأعضاء في المجلس, وان كانت الجهود تبذل لإنشائها إذ الحاجة ماسة لإقامتها وفق مطالبات كثير من المختصين. والمعروف أن السياسة الزراعية المشتركة المعدلة لدول المجلس أقرت من المجلس الأعلى عام 1996م وتهدف هذه السياسة إلى تحقيق التكامل الزراعي بين دول المجلس وفق إستراتيجية موحدة تعتمد على الاستخدام الأمثل للموارد المائية المتاحة وتوفير الأمن الغذائي من مصادر وطنية، وزيادة الإنتاج وتشجيع المشاريع المشتركة بمساهمة من القطاع الخاص ويشكل التنسيق والتكامل والترابط الاقتصادي بين الدول الأعضاء أحد الأهداف الأساسية لمجلس التعاون وفقاً لما ورد في النظام الأساسي للمجلس، ومن ضمن الأهداف المنصوص عليها وضع أنظمة متماثلة في مختلف الميادين بما في ذلك الشئون الاقتصادية والمالية والشئون التجارية والجمارك والمواصلات والاتصالات والطاقة ودفع عملية التقدم العلمي والتقني في مجالات الصناعة والتعدين والثروات المائية. وقد باتت الصناعة المتعلقة بمنتجات الألبان تتصدر قائمة الصناعات الغذائية في دول مجلس التعاون وبالتالي زيادة ملحوظة حجم الاستثمارات في قطاع مطالب ملحة بإقامة شركة تسويقية الصناعات الغذائية, فضلا عن المنتجات الأخرى التي تنتجها المصانع نفسها و في مقدمتها العصائر و مشتقاتها. وتتصدر المملكة قائمة تلك الدول في ذلك المجال بنسبة تجاوزت السبعين في المائة وارتفع معدل استهلاك الفرد من منتجات الحليب من 29 ليترا سنة 1998 إلى حوالي 33 ليترا حالياً. وأدى نمو الصناعات التحويلية الأخرى نتيجة الاستثمارات الضخمة الموظفة في مجال البتروكيماويات والأسمدة الكيماوية والحديد والصلب والألمونيوم والصناعات الغذائية إلى تحسن مستوى الأداء الاقتصادي وقد ارتفعت القيمة الإجمالية الخاصة بالاستثمار الصناعي الإجمالي في دول مجلس التعاون الخليجي إلى 162 مليار دولار وارتفع عدد المصانع العاملة جلها إلى 13580مصنعاً.
